1994 yılında Hekimler Birliği Vakfı tarafından kurulmuştur.
Vakıf, Yeni Şafak'ı bir süre çıkartmış ve sonrasında ekonomik zorluklar sebebiyle yayınına ara vermiştir, daha sonra gazete o dönemin Ensar Vakfı Başkanı olan Ahmet Şişman tarafından satın alınmıştır ve 23 Ocak 1995 tarihinden itibaren farklı bir kimlikle yayına tekrar başlanmıştır.
Yeni Şafak gazetesi kuruluş yıldönümü olarak satın alındığı tarihi kabul etmektedir, önceki geçmişi yok sayılmaktadır.
Gazeteye daha sonra Mahmut Kış ortak olmuş, ilerki zamanlarda Kış ailesi gazetenin tek sahibi olmuş. Gazete şu an Albayrak Grubu'nundur.
Yeni Şafak Gazetesi, Genel Yayın Yönetmenliği görevinde, önceki yıllarda Yusuf Kaplan, Mehmet Ocaktan, Selahattin Sadıkoğlu, Akif Emre ve Yusuf Kaplan görev yapmıştır.
Gazetenin şu anki sahibi Mustafa Albayrak'tır. Genel yayın yönetmenliği görevini Mehmet Ocaktan yürütmektedir. bkz. Liste - Türkiye'deki gazeteler