Ökaryotlar DNA dizilerinin analizi ökaryotların içinde, mitokondri ve kloroplast genomlarından çekirdek genomuna, yatay gen transferinin olmuş olduğuna işaret etmektedir. Endosimbiyoz teorisinde belirtildiği gibi, kloroplast ve mitokondrilerin kaynağı, ökaryotik hücrelerin atası bir hücrenin içindeki bakteriyel endosimbiyontlardı. Jeffrey L. Blanchard and Michael Lynch (2000), "Organellar genes: why do they end up in the nucleus?", Trends in Genetics, 16 (7), pp. 315-320. [1] DNA dizi karşılaştırmaları farklı türler arasında pek çok genin yatay transferini göstermiştir, bu transferlerin bazıları farklı üst-alemler arasında dahi gerçekleşmiştir. Bakterilerden bazı mantarlara, özellikle Saccharomyces cerevisiae mayasına yatay gen transferi iyi belgelenmiştir. Hall C, Brachat S, Dietrich FS. "Contribution of Horizontal Gene Transfer to the Evolution of Saccharomyces cerevisiae." Eukaryot Cell 2005 Jun 4(6):1102-15. [2] Aduki fasulya kınkanatlısının kendi endosimbiyontu Wolbachia 'dan genetik malzeme edindiğine dair de kanıtlar vardır. Natsuko Kondo, Naruo Nikoh, Nobuyuki Ijichi, Masakazu Shimada and Takema Fukatsu (2002) "Genome fragment of Wolbachia endosymbiont transferred to X chromosome of host insect", Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 99 (22): 14280-14285". [3] Wolbachia bakterilerini artropod ve filaria nematodlarında önemli bir genetik malzeme kaynağı olduğu gösterilmiştir } Rafflesiaceae bitki ailesinin parazitlerinin, konak bitkiden bazı mitokondri genlerini yatay transfer yapmış olduğu da gösterilmiştir.}} Ayrıca, henüz kimliği bilinmeyen bir bitkinin kloroplastından Phaseolus fasulyasının mitokondrisine transfer olduğu gösterilmiştir.} Evrim teorisi Bir türün filogenetik tarihçesini anlamak için tek bir gene dayalı evrimsel ağaçlar oluşturmak yeterli değildir. okstate.edu Evrim tarihi tek bir genin DNA dizisine bakarak filogenetik ağaç oluşturmakta potansiyel bir karıştırıcı faktör (İng confoundıng factor) olabilmektedir. Örneğin, aralarında gen alışverişi olan iki bakteri durumunda, bu gene dayanarak oluşturulmuş bir filogenetik ağaç, bu iki bakterinin birbirleriyle yakından ilişkili olduğunu gösterecektir, diğer genleri çok farklı olsa da. Bu yüzden, güvenilir bir filojeniler oluşturmak için başka bilgileri de kullanmak idealdir, örneğin belli genlerin varlığı veya yokluğuna bakmak veya mümkün olduğunca çok sayıda gen için filogenetik analiz yapmak gibi. Filogenetik ilişkileri belirlemek için en sık kullanılan gen, prokaryotlarda 16S rRNA genidir, çünkü bu genin dizisi birbirine yakın akraba sayılan türlerde korunumludur. Ancak, 16S rRNA geninin de yatay transfer olabileceği öne sürülmüştür. Bu ender bir olay olsa da, 16S rRNA'ya dayandılılarak oluşturulmuş filogenetik ağaçların doğruluğu tekrar gözden geçirilmelidir. Gogarten bu konuda, "ağaç benzetmesi genom araştırmalarının bulguları ile uyumsuzdur" deyip, dolayısıyla "biyologlar, farklı gen tarihçelerinin bir genomda birleşmesini tarif etmekte bir mozaik benzetmesi, mikroplar arasındaki zengin gen alış veriş ilişkilerini görüntülemek için bir ağ benzetmesi kullanmalılar" demiştir.} Yatay gen transferi olunca genleri tekil filogenetik belirteç (marker) olarak kullanarak organizmaların filogenisini belirlemek zordur. Ortak bir atadan yeni kladların oluşması modeli ile ender yatay gen transferi olayları birleşince, günümüzde mevcut 3 üst alem arasında paylaşılan genlerin hepsine sahip olan bir ortak ata olamayacağı sonucu çıkmaktadır. Çağdaş moleküllerin her birinin kendine ait bir geçmişi vardır ve her bir molekül atasal bir molekülden kaynaklanmaktadır. Ancak bu moleküler atalar muhtemelen farklı zamanlarda farklı organizmlarda bulunmaktaydılar.} Ayrıca bakınız *Agrobacterium, bitkiler ve kendisi arasında DNA taşıyabilen bir bakteri. *Endojen retrovirüs *Germline *HeLa *Integron *Provirüs *Retrotransposon *Genetiği değiştirilmiş organizmalar
