Kendisine Ak Mescit (Kızıl Orda) nın komutası verildi 1853 yılında Rusyanın 26 gün süren kuşatmasına inatla karşı koyduğu bilinmektedir. Kaşgar hükümdarı Sadık Beğ Cihangir hocanın Kokand'da yaşayan oğlu Buzuruk hanı Kaşgar hükümdarı olarak görmek istiyordu, Kokand Hanı Hudayar Han 1864 yılında Buzuruk ve Yakuphanı 1000 kişilik bir ordu ile Kaşgara gönderdi. Kısa bir savaştan sonra Buzuruk, Han ilan edildi.Yakuphan 1867 de Kuçayı, 1869 da Korlayı 1871 de Turfanı ele geçirdi. Yakupbeğ 1867 de Buzuruk Han'ın iktidarına son vererek kendisine 'Atalik Gazi' 'Bedevlet' (Mesut Hükümdar) ünvanı verildi.
Yakup beğ çok kuvvetli siyasi ve diplomatik şahsiyeti ile ün kazandı. Buhara, Osmanlı, İngiltere, ve Rusya ile diplomatik ilişkiler kurdu, askeri eğitimlerini Osmanlı İmparatorluğundan silahlarını İngiltereden ve ticari mallarını Rusyadan getirtti.
Yakup Han ülkede istikrarı sağladıktan sonra tarihi ve kültürel bağları olan ve İslam dünyasının hamisi konumunda bulunan Osmanlı İmparatorluğu nezdine elçi göndermiş Sultan Abdulaziz Han'dan yardım ve himaye talebinde bulunmuş; devletinin Osmanlı İmparatorluğu'nun bir parçası olarak kabul edilmesini dilemiş ve kendisine biat ettiğini bildirmiştir. Osmanlı İmparatorluğu Yakup Han'ın bu talebini kabul etmiş ve Padişah'ın direktifi üzerine Albay Kazım bey komutasında 5 muvazzaf ve 3 emekli Subaydan oluşan bir asker eğitim grubunu 1200 piyade tüfeği 6 sahra topu ve cephane yapımında kullanılan barut ve malzemeleri ile Hindistan üzerinden Doğu Türkistan'a göndermiştir. Heyet Kaşgar'da büyük coşku ve sevinç ile karşılanmış, hutbeler padişah adına okunmuş ve paralar da Sultan Abdulaziz Han adına bastırılmıştır. Doğu Türkistan semalarında Osmanlı sancağı dalgalandırılmıştır.
1876-1877 yıllarında Çinliler Yakup beğ'e karşı büyük bir hücuma geçtiler Yakup beğ savunmaya geçmek zorunda kaldı, Aksu etrafındaki Davançı dağları civarında şiddetli çarpışmalar oldu, Yakup beğ savaşta sayıca üstün olan düşman karşısında savaşı kaybetti geri çekildi.
Çinliler 16 Mayıs 1877 de Turfanı ele geçirdi aynı yılın 29 Mayıs günü Yakupbeğ vefat etti. Ölümünden sonra Çin istilası tüm Türkistanda devam etti, oğullarının taht kavgası ve hükümdarların kendilerini han ilan etmeleri ve eyaletlerin bağımsızlık ilan etmeleri DOĞU TÜRKİSTAN İSLAM DEVLETİNİN çöküşüne zemin hazırladı.
Çinliler 16 Aralık 1877 Kaşgarı 16 Mayıs 1878 de Doğu Türkistan'ın tamamını işgal ettiler. Yakup bey'in büyük güçlüklerle kan pahasına antlaşmalarla ve büyük bir beceriklikle kurmuş ve korumuş olduğu kendisine birleşik bağımsız bir devlet düzeni verdiği Doğu Türkistan bağımsızlığı sona erdi.