Virüs Sınıflandırması

Virüs sınıflandırması, virüslerin taksonomik bir sistem içinde adlandırılma ve gruplandırılmalarını içerir. Hücresel canlıların görece oturmuş sınıflandırma sistemlerinde olduğu gibi, virüs sınıflandırması da süregiden tartışma ve önerilerin konusudur. Bu, büyük ölçüde, virüslerin henüz kesin bir şekilde "canlı" ya da "canlı olmayan" varlıklar olarak tanımlanamamış olmasından kaynaklanmaktadır. Dolayısıyla da virüsler, bitkiler ve hayvanlar gibi hücresel canlıları konu edinen biyolojik sınıflandırma sistemleri içine çeşitli nedenlerle sorunsuz bir şekilde yerleştirilememektedir.

Virüs sınıflandırması, virüslerin yapı (morfoloji), nükleik asit tipi, çoğalma tarzı, konak canlı ve neden oldukları hastalık gibi fenotipik özelliklerini temel alır. Bunun için, günümüzde iki ana sistem birlikte kullanılmaktadır:

Baltimore sınıflandırması: Nobel Ödülü kazanmış bir biyolog olan David Baltimore`un geliştirdiği sistemdir ve virüsleri Romen rakamları ile numaralanmış yedi gruptan birine yerleştirir. Bu sistem, virüsleri genom yapılarına ve çoğalma tarzlarına göre ayırır.
UVTK sınıflandırması: Uluslararası Virüs Taksonomi Komitesi (``International Committee on Taxonomy of Viruses``, ICTV) tarafından oluşturulmuş olan, Baltimore sınıflandırmasına eşlik eden ve üzerinde uzlaşılmış özgün adlandırmalar ile ek sınıflandırma kılavuzları ortaya koyan sistemdir. Virüslerin tür adlandırmalarını yapar ve o türleri de biyolojik sınıflandırmadakine benzer şekilde cins, alt familya, familya ve takımlara yerleştirir.

Sınıflandırma yöntemleri

Baltimore sınıflandırması

Baltimore sınıflandırması, virüsleri nükleik asit türü (DNA ya da RNA), nükleik asiti ipliği sayısı (tek iplikli ya da çift iplikli) ve çoğalma yöntemine göre yedi gruptan birinin içine yerleştirir. Neden oldukları hastalıklar ve morfolojik özelliklerine göre de sınıflandırılmaları mümkünse de farklı virüslerin aynı hastalığa yol açabiliyor olması ve yapılarının çok benzer olabilmesi nedeniyle bu yöntemler tatminkar değildir. Ayrıca, çok küçük boyutları nedeniyle virüslerin yapılarının mikroskop altında belirlenmesi de oldukça zordur. Bu noktada, genomlarına göre sınıflandırmak, benzer davranış gösteren virüslerin belli kategorilerde toplanmasını sağlar. Böylece, ileri araştırmalar için belli bir yol da çizilebilmektedir.

Baltimore sınıflandırmasının sunduğu ve Romen rakamlarıyla numaralandırılmış olan yedi grup aşağıda verilmiştir:

Grup I: çift iplikli DNA virüsleri
Grup II: tek iplikli DNA virüsleri
Grup III: çift iplikli RNA virüsleri
Grup IV: pozitif polariteli tek iplikli RNA virüsleri
Grup V: negatif polariteli tek iplikli RNA virüsleri
Grup VI: ters transkripsiyon yapan RNA virüsleri
Grup VII: ters transkripsiyon yapan DNA virüsleri

UVTK sınıflandırması

Uluslararası Virüs Taksonom Komitesi , 1990`ların başında, virüslerin adlandırılması ve sınıflanması için çeşitli kurallar geliştirerek uygulamaya koymuştur ve günümüzde de virüs türlerinin adlandırılması ve bu sistem içinde yerleştirilmesini gözetmektedir. UVTK sınıflandırması, takson yapısına sahip olması gibi özellikleriyle biyolojik sınıflandırma yöntemleri ile çeşitli benzerlikler taşısa da bazı farklarla onlardan ayrılır:

UVTK sınıflandırması takım seviyesinden başlar ve tür seviyesine kadar iner. Geçerli seviyeler, ilgili takson son ekleri parantez içinde belirtilmiş halde, şöyledir:

• Takım (``-virales``)

• Familya (``-viridae``)

• Alt familya (``-virinae``)

• Cins (``-virus``)

• Tür (``-virus``)

Uluslararası Bitkibilimsel Adlandırma Kuralları`ndakine benzer şekilde, cins ve tür adlarından başka takım ve familya adları da italik yazılır.
Önemli bir fark, tür adlarının genellikle ``[1]virus`` biçiminde belirlenmesidir.

Yaklaşık 80 familya ve 4.000 türün bilindiği bu sistemde takımların tanımlanması henüz çok yenidir ve yavaş işlemektedir: bugüne dek yalnızca üç takım belirlenmiştir (``Caudovirales``, ``Nidovirales``, ``Mononegavirales``) ve çoğu familya herhangi bir takım altına yerleştirilmemiş durumdadır. Benzer şekilde, 24 kadar cinsin de familyaları henüz belli değildir.

İki yöntemin birlikte kullanılması

UVTK sınıflandırmasında tanımlanmış olan her takım, henüz bir takım altına yerleştirilmemiş her familya ve henüz bir familyaya konmamış her cinsin dahil olduğu bir Baltimore sınıflandırması grubu vardır. Örneğin, üçü ``Caudovirales`` takımının altında bulunmak üzere toplan 22 familya ve henüz bir familyası olmayan cinslerden ikisinin (``Mimivirus``, ``Rhizidovirus``) türleri çift iplikli DNA virüsleridir ve Baltimore sınıflandırmasına göre Grup I içinde yer alırlar.

Dolayısıyla, Baltimore sınıflandırması daha kapsayıcıdır ve UVTK sınıflandırmasındaki üst taksonların da gruplandırılabilmesini sağlamaktadır.