UEKAE`nin misyonu, "bilgi güvenliği, haberleşme ve ileri elektronik alanlarında Türkiye`nin teknolojik bağımsızlığını sağlamak ve sürdürmek için nitelikli insan gücü ve uluslararası düzeyde kabul görmüş altyapısı ile, bilimsel ve teknolojik çözümler üretmek ve uygulamaktır".
Bu ana hedef göz önünde bulundurularak belirlenen "bilgi güvenliği, haberleşme ve ileri elektronik alanlarında yeni teknolojilerin geliştirilmesine öncülük eden uluslararası bilim, teknoloji ve üretim merkezi olmak" vizyonuna ulaşılabilmesi ve ülkenin ihtiyacı olan teknolojilerin geliştirilmesi için Enstitü`nün akredite test ortam ve laboratuarlarında temel ve uygulamalı araştırmalar yapılmakta ve ihtiyaç sahiplerine teknik destek sağlanmaktadır. UEKAE ayrıca, açık kaynak kodlu yazılımlara Uludağ Projesi ile Türkiye`de destek veren ilk devlet kurumudur.
Kamu kuruluşlarına elektronik imza sertifikası dağıtacak olan Kamu Sertifikasyon Merkezi de bu enstitüde bulunmaktadır.