Yönetimdeki karışıkların önü alınamıyor, Suriye’ye düşmanla çarpışmaya giden ordu sürekli yeniliyordu. Tutankhamon “babası” Amon’un Ptah’ın ve diğer tanrıların altın heykellerini yaptırdı, çözülmüş olan rahiplik kurumlarını düzenledi, tapınakların hazinelerine büyük bağışlar yaptı. Akhenaton Güneş tanrısı Aton’a bağlı tek tanrılı bir düzen kurdu ve Mısır’lıları diğer tanrıları bırakmaları için zorladı. Başkenti Teb’den, Akhetaton şimdiki Amarna'ya taşıdı. Firavun Akhenaton’un tersine “Eski Rejim” canlandırdı ve III. Amenofis zamanında bitirilmemiş olan anıtların tamamlanması işine girişti. Bu işlerin arasında Luxor tapınağı da vardır. Bugün, Tutankhamon’un tahtta kaldığı dokuz yıl boyunca askeri bir harekata katılmadığı düşünülüyor. Sadece keşif için general Horemhem komutasında Filistin’e ve Lübnan’a asker gönderdiği sanılıyor.
Tutankhamon 19 yaşındayken aniden öldüğü için geride vasiyet bırakmamıştır. Kafatasında sol kulağın arkasında tahribat bulunduğu için, ölümünün bir kaza sonrasında olduğu sanılıyor. Ancak, şu anki mısır bilimcilerin ürettiği senaryolara göre Tutankhamon’un generali Horemheb, iktidarı elegeçirmek için Tutankhamon’un kafasının arkasına sert bir cisim ile vurmuş ve ölümüne neden olmuştu.
Mezarının yanında bulunan iki küçük tabuttaki ölü doğmuş bebeklerin, Tutankhamon’la çok sevdiği eşi Ankesenamun’un çocukları olduğu sanılıyor. Bunun yanısıra hayvan mumyaları da bulunmuştur. Tutankhamon’un mezarında bulunan lambada ise gün ışığı ile birşey görülmeyen, ancak zifiri karanlıkta ikisinin burunburuna figürleri bulunmaktadır. Tutankhamon’un ölümünden sonra, tahta çıkan General Horemheb, Tutankhamon’un tapınaklarını kendisine aldığı gibi, onun aldığı gibi, onun adını da unutturmak istemiş, ama bilinmeyen bir nedenle Tutankhamon’un lahdine dokunmamıştı.
Büyük bir ihtimalle kendisinin işlediği cinayeti dikkat çekmemek üzere örtbas yöntemlerinden biriydi. İşte bu lahit,1922 yılında Lord Carnarvaon ve Howard Carter adlı iki İngiliz ejiptolog tarafından bulundu. Tam 3000 yıl sonra Horemheb’e ilginç bir oyun oynamış, sonunda yine Tutankhamon üne kavuşmuştu.