15 Şubat 1965-15 Temmuz 1971 tarihleri arasında İstanbul ve Kayseri Yüksek islam Enstitülerinde öğretim üyeliği görevlerinde bulundu. Bu arada 1967-1968 öğretim yılında Bağdat Üniversitesi'nde Arap Dili ve Edebiyatı üzerinde çalıştı. Doktorasını tefsir dalında veren Altıkulaç'ın daha sonra sürdürdüğü görevler sırasıyla şunlardır:
- Diyanet İşleri Başkan Yardımcılığı (15 Temmuz 1971 - 07 Eylül 1976)*M.E.B. Din Eğitimi Genel Müdürlüğü (07 Eylül 1976 - 02 Kasım 1977) *M.E.B. Talim ve Terbiye Kurulu Üyeliği (02 Kasım 1977 - 09 Şubat 1978) *Diyanet İşleri Başkanlığı (09 Şubat 1978 - 10 Kasım 1986)
Altıkulaç, Diyanet İşleri Başkanlığı görevinden 10 Kasım 1986 tarihinde kendi isteği ile emekliye ayrıldı. Ebu Şame el-Makdisi ve el-Murşidu'l-Veciz'i, Yüce Kitabımız Hz. Kur'an, Tecvidü'l-Kur'an, Zehebi ve Ma'rifetü'l-Kurra'sı, (4 cilt) isimli basılmış eserleri bulunan Dr .Altıkulaç birçok uluslararası toplantılara katılarak şu tebliğlerini sunmuştur. Kur'an Kıraatı, Hz. Peygamber'in Örnek Ahlakı, Hz.Peygamber Zamanında Kaza Müessesesi, Türkiye'de Din Hizmetleri, İslam'ın Barış Anlayışı ve Bulgar Zulmü.Azerbaycan Milli Akademisi tarafından Profesörlük unvanı verilen ve bu Akademinin daimi üyesi olan Altıkulaç, Diyanet İşleri Başkanlığı görevinden emekli olduktan sonra, Marmara Üniversitesi ve Bakü Devlet Üniversitesi İlahiyat Fakültelerinde öğretim görevlisi olarak hizmet vermiş, ayrıca TDV İslam Araştırmaları Merkezi Başkanlığı görevini yürütmüştür. Altıkulaç, 24 Aralık 1995'de yapılan genel seçimlerde İstanbul Milletvekili olarak Parlamentoya girmiştir.