Kariyerinin en büyük başarılarını San Francisco 49ers takımının forması altında almıştır. Uzun yıllar bu takımda Joe Montana`nın yedeği kalan Young, 1990 Playoff maçlarında Montana sakatlık geçirince onun yerine geçmiştir. 1991 yılında ``MVP`` seçilen Young, asıl büyük başarısını 1994`de San Diego Chargers karşısında, XXIX.Super Bowl maçında takımını şampiyonluğa taşımasıyla elde etmiştir. Bu maçta ``XXIX.Super Bowl MVP`` si seçilen Steve Young attığı 6 Touchdown pası ile Super Bowl rekoru kırmıştır. Daha önceki rekor sahibi ise, 5 Touchdown pası ile Joe Montana`dan başkası değildir.
Young 1999 yılının sonuna kadar ``San Francisco 49ers`` takımında oynamıştır.Young`ın ``Quarterback Rating``i (``Quarterback pozisyonunda oynayanların istatistikleri``) tüm zamanların en yüksek ratingidir.
