Aykut, ilk olarak Samsunspor`da forma giymiştir. 1999-2000 sezonunda, 30 golle gol kralı olduktan sonra 5.9 milyon dolara Galatasaray`a transfer oldu. Bu kulüpte iki sezon başarılı maçlar çıkarmıştır ve bu kulüpte 2000 yılında bir Süper Kupa kazanmıştır. 1. Lig`de bulunduğu süre içinde 188 gol atmıştır ve 1. Lig tarihinin en çok gol atan 7. oyuncusudur.
Temmuz 2002`de Serkan Aykut, eski kulübü Samsunspor`la 4+1 yıllık sözleşme imzalamıştır. Şu anda Samsunspor`un kaptanıdır.