Melikşah'ın ölümüyle başlayan saltanat mücadelesinde Şam meliki Tutuş, derhal sultanlığını ilan etti. Bu arada Melikşah'ın hanımı Terken Hatun da, küçük oğlu Mahmud'u sultan ve torunu Cafer'i halifenin veliahdı yapmak için bütün gücüyle uğraştı ve 1092'de Mahmud'un saltanatını ilan ederek, namına hutbe okutmaya muvaffak oldu. Yine bu arada taraftarlarıyla Rey'e çekilen Berkyaruk da sultanlığını ilan etti ve Terken Hatun'un üzerine gönderdiği orduyu Burucerd'de bozguna uğrattı. Terken Hatunun Gence meliki İsmail'i yanına çekmesi de bir yarar sağlamadı.
Terken Hatunun bir suikast neticesinde öldürülmesiyle, saltanat mücadelesi, Tutuş'la Berkyaruk arasında kaldı. Tutuş, Rey üzerine yürüdüyse de, 1093 yılında vuku bulan uzun mücadeleler sırasında birçok emir, Berkyaruk tarafına geçti. Bu sayede Berkyaruk, karşısında orduyu bozguna uğrattı. Ayrıca Tutuş'un ölümüyle bütün rakiplerini bertaraf ederek, Bağdat'ta adına hutbe okuttu.
Sultan Berkyaruk zamanında Selçuklu Devleti:
- a) Irak ve Horasan,
- b) Suriye,
- c) Kirman,
- d) Türkiye Selçukluları olmak üzere dörde bölündü.
Ayrıca Doğu Anadolu'nun çeşitli yerlerinde Türkmen beylikleri ve Atabeglikler ortaya çıktı. Berkyaruk, parçalanan Selçuklu İmparatorluğunu toplamaya başladığı bir sırada, Haçlı orduları da Suriye'ye geldi. Berkyaruk, Haçlılara ve onların Antakya Kuşatmasına karşı Kürboğa'yı ve Artuklu beylerini sefere gönderdi. Anadolu'dan geçen Haçlılar, Suriye'ye vardıkları zaman sayıları oldukça azalmıştı. Ancak, Şii-Fatımilerin, Sünni müslümanlara karşı Haçlılarla ittifak yapmaları, ayrıca Suriye emirleri arasındaki güvensizlik ve rekabetler, Tutuş'un oğlu Dukak ile birlikte Suriye kuvvetlerinin haber vermeden çekilmesi, Frenklerin taarruza geçerek, Türkleri bozguna uğratmalarına sebep oldu. Neticede ilerlemeye devam eden Haçlılar, Antakya'yı işgalden bir yıl sonra Kudüs'ü ele geçirip, şehirde yaşayan yetmiş bin Müslüman ve Yahudiyi hunharca katlettiler.
Bu arada Gence Meliki ve kardeşi Muhammed Tapar, Berkyaruk'a saltanat iddiasıyla isyan etti. Berkyaruk, 1100 senesinde Sefidrud'da mağlup olmasına rağmen, Muhammed Tapar'ı arka arkaya dört kez bozguna uğrattı. Ahlat'a sığınan Muhammed Tapar, buranın hükümdarı Sülemen'i ve Ani emiri Menuçehr'i hizmetine alarak yeniden savaşa hazırlandıysa da, Sultan Berkyaruk çok kan aktığını, memleketin harap, emir ve askerlerin yorgun düştüğünü, hazinenein boş kaldığını, vergilerin tahsil edilemez hale geldiğini ve nihayet İslam düşmanlarına fırsat verildiğini beyan ederek, gönderdiği bir elçiyle kardeşini barışa ikna etti. Böylece 1104'te Azerbaycan'da Sefidrud hudut olmak üzere, Kafkasya'dan Suriye'ye kadar bütün vilayetlerde Muhammet Tapar sultan tanındı. Bağdat, Rey, Cibal, Taberistan, Fars, Huzistan, Azerbaycan, Mekke ve Medine'nin idaresi de Berkyaruk'ta kaldı.
Büyük Selçuklu Devleti, iki devlete ayrılmak suretiyle, Türkiye ile birlikte üç Selçuklu sultanı ortaya çıktı. Ancak bu durum çok uzun sürmedi. Çünkü Berkyaruk, hastalıklı olduğu için 1104 yılında, yirmialtı yaşındayken vefat etti. Sultan Berkyaruk, ülkesini düşünen ve milletinin refahı için çalışan bir kimseydi. Ancak, kardeş kavgalarının, memleketin birlik ve beraberliğe en muhtaç olduğu bir döneme rastlaması Berkyaruk'u çok üzdü. Buna rağmen fırsat buldukça Haçlı kuvvetleri üzerine asker sevk etmekten ve darbeler vurmaktan geri kalmadı.
Berkyaruk'un vefatından sonra Muhammed Tapar, Bağdat üzerine yürüyerek, fazla zorluk çekmeden 1105'te tek başına sultan oldu. Önce amcasının oğlu Mengübars'ın isyanını bastırdı. Daha sonra ülkede uzun zamandır karışıklık çıkaran, anarşiyi tahrik eden Batınilere karşı mücadele etti. 1107'de, Batınilerin merkezi olan Alamut Kalesi kuşatıldı ve çok sayıda Batıni öldürüldü. Selçuklular arasındaki karışıklıklardan faydalanan Haçlılar, Birinci Haçlı Seferi sonunda Suriye'de Haçlı devletleri kurmaya başladılar. Sultan Muhammed Tapar, bunların üzerine ordular gönderdiyse de, kumandanlar arasında tam anlaşma sağlanamadığından kesin sonuca gidilemedi. Sefer kumandanı Emir Mevdud, Şam Ümeyye Camii'nde bir Batıni tarafından öldürüldü. Sultan, Haçlılara karşı Aksungur'u kumandanlığa getirdi. Bu arada kardeşi Sencer'i Suriye ve Horasan'daki Batınilerle mücadele etmekle görevlendirdi. Alamut üzerine de bir ordu gönderdi. Sultan Muhammed Tapar'ın 1118'de vefatı sebebiyle, bu fesat ocağı ortadan kaldırılamadı. Sultan Muhammed Tapar, İsfehan'da yaptırdığı medresenin bahçesine defnedildi.
İleri gelen devlet adamları, Muhammed Tapar'ın henüz küçük yaştaki oğlu Mahmud'u tahta geçirdilerse de, Melikşah'ın oğlu ve Horasan meliki olan Sencer, yeğeni Mahmud'un sultanlığını kabul etmeyerek, saltanat iddiasında bulundu. 14 Ağustos 1119 tarihinde yapılan Save Savaşını kazanarak sultanlığını ilan eden Sencer, yeğenine evlat muamelesi yaptı ve kendi egemenliğini tanımak şartıyla, Rey hariç, batı ülkelerinin hakimiyetini ona bıraktı.
Sultan Sencer, batı işlerinden çok doğu ile uğraştı. Gaznelilerle savaştı. Karahanlıları kendisine bağladı. Zamanı, Selçukluların son parlak devriydi. Bu arada Büyük Selçuklu Devletini iki büyük tehlike tehdit ediyordu. Bunlardan birisi, batıdan Anadolu ve Suriye'ye saldırmakta olan Haçlılar, diğeri doğudan gelen ve devletin doğu sınırlarını zorlayan Karahitaylardı. Sultan, yalnız bu ikinci tehlikeyle uğraştı. Doğu Karahanlılar Devletini yıkarak Seyhun boylarını zorlayan Karahitaylarla çarpışan Sencer, onlarla 10 Eylül 1141 yılında yaptığı Katvan Meydan Savaşını kaybetti. Bu muharebeden sonra, Seyhun nehrine kadar olan topraklar Karahitayların eline geçti. Katvan Meydan Muharebesiyle, Büyük Selçuklu Devleti tarihinde yeni bir devir başladı ve Selçuklu ülkesi, müslüman olmayan Türk ve Moğol birliklerinin istilasına uğradı.
Sultan Sencer'in bu yenilgisinden faydalanmak isteyen Gur hükümdarı Alaeddin Hüseyin, yıllık vergiyi vermemek, sultanlık peşinde koşmak gibi davranışlarla, Sencer'e olan tabiliğinden kurtulmaya çalışıyordu. Zaten, sınırlarını fazla genişletmesi, bölgenin güç dengesini bozmakta ve bu durum Sultan Sencer'i endişeye düşürmekteydi. Büyük kuvvetlere sahip olan Gurlular üzerine yürüyen Sultan Sencer, Haziran 1152'de yaptığı muharebede Gur ordusunu yenerek, Katvan'da kaybedilen itibarı yeniden sağladı.
Gur galibiyetinden erişilen ihtişam fazla uzun sürmedi. Vergi tahsili sırasında yapılan haksızlık yüzünden, kendi soyundan olan Oğuzlarla bazı emirler arasındaki ihtilaflar gittikçe büyüdü. Sultan Sencer, bir kısım emirlerin ısrarı ile, göçebe oğuzların üzerine yürümek zorunda kaldı. 1153 yılı Mart ayında Belh civarında, Oğuzlarla yapılan savaşı Selçuklular kaybettiler. Bu ağır yenilginin sonunda Sultan Sencer esir düştü. Oğuzlar, Sencer'e esir de olsa sultan gözüyle baktılar.
Esir Sultanı kurtarmak için ilk harekete geçen, onu savaşa sürükleyen Belh valisi Emir Kumac'ın torunu Müeyyed Ayaba oldu. Sencer, her ne kadar gündüz tahtta oturtuluyor ve zahiri bir iltifat görüyorsa da geceleri demir bir kafeste uyuuordu. Onun adına çok usulsüz işler yapılıyor ve bazı vaadlerde bulunuluyordu. Bu durum karşısında Sencer, 1156 yılı Nisan ayında kaçmaya muvaffak oldu. Fakat ağır Oğuz darbesi altında çöken, iç huzursuzluk ve istikrarsızlığa maruz kalan Büyük Selçuklu Devleti, kendini toplayamadı. Her ne kadar tabi beyler, Sencer'e kurtuluşundan dolayı memnuniyetlerini ve bağlılıklarını bildirmişlerse de, Selçuklu kumandanları arasındaki mücadele Sultana gerekli imkanı sağlamadı. Sencer, 9 Mayıs 1157 senesinde yetmiş üç yaşında vefat etti. Merv'de daha önce yaptırdığı Darü'l-Apir'de defnedildi. Onun vefatından sonra Büyük Selçuklu Devletinin İran, Irak, Suriye ve Anadolu'daki parçaları, Selçuklu Hanedanına mensup kişilerce idare edilip, ondördüncü yüzyıla kadar devam edenler oldu.