Yönetim bölgesi olarak Samegrelo, kuzeyindeki Svaneti bölgesiyle birlikte Samegrelo-Zemo Svaneti bölgesini oluşturur ve bu bölgenin yönetsel merkezi Zugdidi kentidir. Eski çağlarda Samegrelo, Kolha veya Kolhis`in (İÖ 9 - 6. yüzyıllarda) ve Egrisi`nin (İÖ 4. - İS 6. yüzyıl) bir parçasıydı. 11 - 16. yüzyıllar arasında birleşik Gürcüstan Krallığı`nın içinde yer aldı. 16. yüzyıl ile 1857 arasında Samegrelo Prensliği olarak varlığını sürdürdü ve bu prensliğin yöneticileri Dadiani ailesiydi. Prenslik, Osmanlı İmparatorluğu koruması altında bulunuyordu. 1803 yılında, Çar ve Megrel prensi Grigol Dadiani arasında yapılan bir anlaşmayla prenslik Çarlık Rusya`sının koruması altına girdi. 1857`de Çarlık yönetimi prensliğin varlığına son verdi. 1918-1921 arasında Samegrelo, Demokratik Gürcüstan Cumhuriyeti`nin bir parçasıydı. 1921`de Gürcüstan Sovyet yönetimine katıldı.
9 Nisan 1991`de bağımsızlığını ilan eden Gürcüstan`ın ilk devlet başkanı Zviad Gamsahurdia bir Megrel idi. Gamsahurdia`nın bir darbeyle devrildiği Kasım 1991`den Ocak 1992 tarihine kadar Samegrelo iç savaşa sahne oldu. Savaş Gamsahurdia`nın yenilgisiyle sonuçlandı ve Eduard Şevardnadze (1992 - 20o3) devlet başkanı oldu. Abhazya`daki savaşta etnik temizlik uygulanarak yerlerinden edilen Gürcülerin (çoğunluğu Megreller) göçü sırasında Samegrelo istikrarsız bir bölge haline geldi. 2004`te devlet başkanı seçilen Miheil Saakaşvili, Abhaz yönetimine karşı mücadele eden Megrel grupları silahsızlandırdı ve bölgedeki sorunun çözümü için barışçıl girişimler başlattı.