1903 yılına kadar okulun müdürü olan Frère Jonathan okuldaki eğitimin Fransa'daki benzerleri gibi, edebiyatı, bilimi ve ticareti içine almasını ve ileride yönetimle, ticaretle ve endüstri ile ilgilenmek isteyen gençlere yol göstermesini istiyordu. Öğrencilerini hayata ve yukarıda saydığımız alanlarda kariyer yapmaya hazırlayan eğitim programları, takdir topladı.
1896 yılında şehrin kuzeyinde, Feriköy'de, Frère'ler Saint-Jean Chrysostome adı altında yeni bir okul yaptırttılar. Bu binada ilkokul, ortaokul ve temel ticaret eğitimi verildi. Okul çok tanındı ve 1912 yılında 180 öğrenciye kadar ulaştı. Ama 1914 yılında kapandı.
1921 yılında, 1. Dünya Savaşı'ndan sonra, enerjik, aktif bir kuzeyli olan Frère Florin, Saint-Jean Chrysostome adlı okulun yerine daha büyük, daha düzenli, daha donanımlı bir okul kurdu ve adını Sainte-Jeanne D'arc koydu. Çocuklar bu okulda üç sene eğitim gördükten sonra, öğrenimlerini Saint-Michel Koleji'nde (Pera'da) veya Saint-Joseph Koleji'nde (Kadıköy) tamamlıyorlardı. İsterlerse ticaret enstitüsüne de devam ediyorlardı. Bu enstitü önce Saint-Joseph'in içindeydi sonradan Sainte-Jeanne d'Arc'a taşındı.
1936 yılında çıkan bir kanunla yabancıların Türkiye'de okul açmaları yasaklandı. Bütün yabancı okullar kapandı, bu arada 6 yaştan itibaren öğrenci kabul eden Saint-Michel de çok sayıda öğrenci kaybetti.
Saint-Michel Koleji, Pera'nın gürültülü ortamından ayrıldı ve Feriköy'deki Sainte-Jeanne d'Arc Koleji'nin binalarına yerleşti. Bu iki okulun birleşmesinden bugünkü Saint-Michel Lisesi doğdu.
1956 yılında çeşitli sebeplerden dolayı "Frère"'ler okulun orta kısmını kapattılar. Orta kısım 1970 yılında tekrar açıldı ve kız öğrenciler de okula alınmaya başlandı. Saint-Michel, İstanbul'da karma eğitim yapan ilk Fransız Lisesidir.
Kurucuları olan "Frère"ler, 1976 yılından beri okul yönetimine katılmamaktadırlar. Okul, eğitim için Fransızcayı seçen gençliğin hizmetinde.
