1941-1942 yıllarını iş ve hastane arasında geçiren Onur, Heybeliada Sanatoryumu`nda bulunduğu sırada, tifodan yatmakta olan Mediha Sessiz adlı bir kızla tanışmış ve onunla nişanlanmıştır. 1942`de İstanbul`da veremden öldü. Ölümünden sonra şiirlerini ve diğer yazılarını Salah Birsel 1956`da Rüştü Onur adlı bir kitapta topladı.
Rüştü Onur çok kısa yaşadı ve hastalığı nedeniyle yaşamının çok kısa olacağını bilerek yaşadı. Şiirlerine bu duyguyu yansıttı. Kendisi gibi genç yaşta ölen Muzaffer Tayyip Uslu`nun arkadaşıydı.