1918`de Dominik ordusuna girdi.Ülkenin ABD işgali altında bulunduğu 1916-1924 arasında ABD Deniz Piyadeleri tarafından eğitildi.1919-1925 arasında orduda teğmenlik emniyet örgütünde albaylığa kadar yükseldi.1930`da Başkan Horacio Vasquez`i bir askeri darbeyle devirerek iktidarı ele geçirdi.Bundan sonra 31 yıl boyunca Dominik Cumhuriyeti`nin mutlak egemeni oldu.Başkomutanlığı da üstlendi, yüksek makamlara yakınlarını getirdi, siyasi karşıtlarının çoğunu öldürttü.Resmi olarak 1930-1938 arasında, daha sonra da 1942-1952 arasında cumhurbaşkanı sıfatını taşıdı.
Trujillo yönetimi bir bakıma ülkeye daha önce görülmemiş ölçüde istikrar ve refah getirdi.Ama Dominik halkı bunun karşılığını insan hakları ve siyasi özgürlükler alanında büyük kayıplarla ödedi.Ekonominin modernleştirilmesinden yalnızca Trujillo, dostları ve yandaşları yararlandı.Trujillo`nun iktidarını koruyabilmek için başvurduğu sert önlemlere karşın muhalefet gitgide genişledi.Ayrıca ülke dışında da Dominik`in liberalleştirilmesi yönünde yoğun baskılar geldi.Trujillo ordu içindeki desteğini de yitirmeye başladı.Sonunda, arabasıyla San Cristobal`daki çiftliğine giderken makineli tüfek ateşiyle öldürüldü.Aralarında General J.T. Diaz`ın da bulunduğu suikast sanıklarından çoğu daha sonra yakalanarak öldürüldü.