Ayrıca Pokedex`inizi tamamlarken değişik şehir ve kasabalara uğrayarak yine bildiğiniz gibi çeşitli "Badge" adı verilen rozetleri toplamanız da gerekiyor. Sekiz rozet topladıktan sonra sizi "Pokemon League" denilen Pokemon Ligi bekliyor. Bu lig Elite Four ve aynı zamanda Steve adlı bir şampiyondan oluşuyor. Ligi bitirdikten sonra "Battle Tower" adı verilen pokemon savaşları için ideal bir yer oyuna dahil ediliyor.
Buradaki savaşlarda pokemonlarınızı güçlendirecek çeşitli malzemeleri kullanamıyorsunuz. Ayrıca kaybettiğiniz her maç için sizden para da alınmıyor. Tabi bu durumda siz de kazandığınız her maç için para alamıyorsunuz. Pokemonlerınız bu maçlarda "Level" yükseltemiyorlar. Maçlar 50lv ve 100lv pokemonlar için geçerli. Maçlar tek tek olmamakta. Her maç grubu 7 maçtan oluşmakta. Eğer bu 7 maçı da yenerseniz bir hediye kazanıyorsunuz.
Oyuna bir de yeni olarak Berry Blender adında bir makina eklenmiş. Bu makina sayesinde ağaçlardan topladığınız her "Berry"yi (küçük meyveleri) birer şeker haline getirip yine yeni eklenmiş bir özellik olan Pokemon Contest için Pokemonlarınızı geliştirmekte kullanabiliyorsunuz.
Oyunda pokemonlarınızı Pokemon Sapphire oyunundaki pokemonlar ile takas edebilmekle birlikte Pokemon Fire Red ve Pokemon Leaf Green oyunları ile de pokemon takası gerçekleştirebilmektesiniz.
Oyunda yanınızda taşıdığınız çantanız 5 ayrı gözden oluşmakta. İlk göz Items bölümü. Bu göze pokemonlarınız için yararlı çeşitli nesneleri koyabilmektesiniz. İkinci göz ise Poke Balls. Bu göz ise Poke Toplarınızı koymanız için yapılmış. Üçüncü göz TMs&HMs olarak adlandırılmış. Buraya satın aldığınız veya bulduğunuz Pokemon teknik ve ataklarını koyabilmektesiniz. Dördüncü göz Berries olarak geçiyor. Bu göze topladığınız Berry`leri koymaktasınız. Son göz olan Key Items ise size verilen veya bulduğunuz ve bazılarının oyun boyunca işinize yarayacağı önemli eşyaların olduğu göz. Diğer gözlerdeki tüm malzemeleri Poke Mart`larda satabilmenize rağmen Key Item bölümündekileri satamamaktasınız.
Oyunda en önemli pokemonlardan olan Groudon, Rayquaza ve Latios bulunmakta. Rayquaza ve Groudon Ultra Ball ile biraz zor olsa da yakalanabilirken, Latios`u Master Ball olmadan yakalamak imkansız. Bu oyundaki diğer önemli nokta ise bu efsanelerin dışında 3 efsane daha olması. Bunlar Regirock, Registeel ve Regiice`tır. Bu pokemonları bulmak diğerleri kadar kolay değil. Bunun çözümünü de yine oyun içinde bulmanız gerekiyor.
Son olarak oyununun diğer Pokemon oyunlardan en büyük farkı "Running Shoes" sayesinde oyunda koşabiliyor olmanız.(Daha sonra hızlı giden bir bisiklete de sahip olabiliyorsunuz).