Yazılı belgelerde Pergamon'dan ilk kez İÖ 4. yüzyılın başlarında söz edilir. Kent daha sonra Pergamon Krallığı'nın başkenti oldu. Bu dönemde saray, tapınak, tiyatro gibi yapılarla yapıldı, kent kule ve surlarla çevrildi. Pergamon, krallığın Roma'ya bağlanmasından sonra da Batı Anadolu'nun sayılı kentlerinden biri olarak kaldı.
Eski kentin kalıntılarını, 1870’lerde Batı Anadolu’da demiryolu döşenmesinde çalışan Alman mühendis Carl Humann buldu. Pergamon'da ilk araştırma ve kazı çalışmalarına da 1878'de başlandı. Kazılar ve onarım çalışmaları günümüzde de sürmektedir.
Pergamon Akropolü
Pergamon kentinin Akropol'ü ("kentin yukarı bölümü"), Bakırçayı'nın suladığı ovaya egemen bir tepenin üzerinde yer alır. Büyük bir kale görünümündeki Akropol’ün ana kapısına varmadan solda Heroon'un kalıntıları vardır. Heroon, Eski Yunan'da bir kahraman ya da yarı tanrı adına yapılmış ve çevresi sütunlu bir galeriyle çevrili kutsal yerlerin adıydı. Heroon’da, dinsel törenin yapıldığı oda (kült odası) geniş bir ön galerinin arkasındaydı. Heroon’un kuzeyinde Helenistik dönemden kalma bir dizi dükkandan oluşan uzun bir yapı bulunuyordu.Kentin koruyucusu sayılan akıl ve savaş tanrıçası Athena adına yapılan Athena Tapınağı, Akropol'ün en önemli mekanıydı. Tiyatro terasının üzerinde bulunan bu tapınak, Dor düzeninde yapılmıştı. Kazılarda Athena Tapınağı’nın birçok parçası Berlin'e götürülerek aslına uygun biçimde orada yeniden kurulmuştur. Pergamon'da ise yalnızca temelleri kalmıştır.
Athena Tapınağı'nın kuzeyinde dört salonlu bir kütüphane vardı. Burası Helenistik dönemin en büyük kitaplıklarından biriydi. Kütüphanede "Pergamon derisi" olarak adlandırılan parşömen üstüne yazılmış 200 bin kitap bulunduğu bilinmektedir. Romalı asker ve devlet adamı Marcus Antonius, İÖ 41'de kitapların tümünü Mısır Kraliçesi Kleopatra'ya armağan etmiştir.
Athena Tapınağı’nın güneyindeki bir terasta Zeus Sunağı yer alıyordu. Zeus Sunağı da Berlin'e götürülmüş ve onarılarak oradaki Pergamon Müzesi'ne (Pergamon Museum) koyulmuştur. Helenistik dönemi mimarisinin en güzel örneği olan sunağın Pergamon’da yalnızca temelleri kalmıştır. Zeus Sunağı'nın güneyinde Yukarı Agora bulunur. Agora, güney ve kuzeydoğudan Dor düzeninde sütunlu galerilerle çevriliydi. Agora'da toplanan halk, siyaset ve ticaretle ilgili konuları yönetimle görüşüp konuşuyordu. Agora’nın kuzeybatısında Agora Tapınağı bulunuyordu. Akropol'ün en yüksek yerinde Pergamon krallarının sarayları yükseliyordu. Günümüze bu sarayların yalnızca zemini ve temelleri ulaşmıştır. Sade görünümlü bu yapılarda odalar sütunlu bir avlu çevresine sıralanıyordu.
Athena Tapınağı'nın batısındaki dik yamaçta, yaklaşık 10 bin kişilik bir tiyatro yer alır. Helenistik dönemde yapılan tiyatronun uçuruma bakan ön tarafı setlerle sağlamlaştırılmıştı. Tiyatronun ahşap bir sahnesi vardı ve bu sahne sökülüp takılabilecek biçimde yapılmıştı. Akropol’ün bir başka tapınağı olan Dionysos Tapınağı, tiyatro terasının kuzeyindeydi. 25 basamakla çıkılan bir podyum üzerinde bulunan tapınağın yalnız ön yüzünde sütunlar vardı.
Orta Kent
Bugün Orta Kent denilen yerleşme, eski Pergamon kentinin bir başka bölümüydü. Kentin yukarı bölümü Akropol’de, daha çok kral ailesi ile yöneticiler, aydınlar ve komutanlar oturuyordu. Orta Kent ise halkın rahatlıkla girip çıktığı yerdi. Burada doğrudan devlet yönetimiyle ilgili olmayan yapılar, gençler için spor alanları, halka açık tapınaklar bulunuyordu.Orta Kent’in önemli alanlarından biri Demeter Kutsal Alanı‘ydı. Bu alan dikdörtgen bir platformda yer alıyordu. Bugün Yukarı Gymnasion'dan gelindiğinde, eskiden bir çeşme ile kurban çukurunun bulunduğu alana girilir. Buradan beş basamakla çıkılan iki sütunlu anıtsal girişe (propylaia) ulaşılır. Kutsal alana buradan inilir. Alanın solunda tapınak, ortasında ise sunak vardı. Sağ yandaki 10 sıralı oturma alanında, Demeter ve Kore dinsel törenlerini 600 kişi izleyebiliyordu.
Gymnasion Orta Kent’in en büyük yapı kompleksiydi. Burada çeşitli spor dallarında çalışmalar ve yarışmalar yapılırdı. Gymnasion, yukarıya doğru genişleyen üç teras üzerine kuruluydu ve bir bakıma üç ayrı Gymnasion biçiminde inşa edilmişti. Üst terası yetişkinlere, orta terası gençlere, alt terası ise çocuklara ayrılmıştı. Orta bölümünde galerilerle çevrili alanda güreş, disk atma, uzun atlama gibi spor çalışmaları yapılırdı. Kuzeydeki galerinin arka bölümündeki salonlarda çeşitli konularda dersler verilirdi. Bu salonlardan biri 1.000 kişi alabilecek büyüklükteydi. Güney galerisinin altında bulunan üstü kapalı koşu yolu 212 metre uzunluğundaydı.
Orta Gymnasion'un batısında gençlerin eğitim gördüğü yapılar vardı. Uzun koşu yolu doğuda Herakles ve Hermes'e adanmış tapınağa açılıyordu. Yarışmalarda başarılı olan gençlerin adları tapınağın duvarlarına yazılırdı. Küçük çocukların eğitimine ayrılan Aşağı Gymnasion 80 metre uzunluğunda bir terasa kurulmuş yapılardan oluşuyordu.
Yukarı Gymnasion'un batısında yer alan Asklepios Tapınağı’nın günümüze yalnızca temelleri ulaşmıştır. Hekimlik tanrısı Asklepios adına yapılan tapınak dinsel özelliklerinin yanı sıra tıp alanında araştırma ve deneylerin gerçekleştirildiği bir okuldu. Hastalar, bitkilerden elde edilen ilaçlar, ameliyat, su ve çamur banyolarının yanı sıra, spor, müzik, eğlence ve telkin yoluyla tedavi edilirdi.