Pepsin; mide özsuyundaki et, yumurta gibi proteinli yiyeceklere tesir eden kuvvetli bir enzimdir. Anlamı Yunanca'da "πέψις (sindirim)" sözcüğünden gelmiş olup, 1836 yılında Theodor Schwann tarafından keşfi yapılmıştır. Yapı olarak büyük ve karmaşık bir moleküldür. Mide duvarında bulunan şef hücrelerince salgılanan pepsinojen ile mide özsuyunda bulunan hidroklorik asidin tepkimesi sonucu pepsin oluşur. 1929 yılında John Howard Northrop tarafından kristalize edilerek bu proteinin etki alanı keşfedilmiştir.
Pepsin öncelikle mide duvarındaki şef hücrelerinden "Pepsinojen" biçiminde salgılanır. Pepsinojen, pepsinin öncülü olup, sindirim kayda değer bir etkinliği yoktur. Pepsinojen midedeki hidroklorik asit (HCl) ile tepkime verir ve pepsine dönüşür. Bu mekanizmanın amacı bu enzimin salgılandığı hücre veya kanala karşı olumsuz etkisini azaltmaya yöneliktir. Pepsinin etki gücü midenin asitlik düzeyi ile ilişkilidir. Ortamdaki pH düzeyi 1.5-2.5 aralığında iken üst düzey etki gösterir. Pepsinin bozunmadan depolanmasını sağlamak için −80 °C ile −20 °C arasındaki bir ortamda muhafaza edilmelidir.
Pepsin, ticari olarak küçükbaş hayvanların midelerinden elde edilir. Peynir üretiminde sütün kesilmesini sağlamak amacıyla kullanılır. Ham pepsin, deri sanayiinde derilerin üzerindeki tüyleri yok etmede ve dabağlamadan sonra çıkmayan inatçı artıkları yok etmede kullanılır. Yine pepsin kullanılarak ıskarta, sinema ve fotoğraf filmlerinin üzerindeki jelatin tabaka sıyrılır, böylece alttaki gümüşün alınması kabil olur. Pepsinden imal edilen pepton da laboratuvarlarda bakteri ve diğer mikroorganizmaların üretiminde kullanılır.
Pepsinojen, pepsinin öncülü olup, sindirim kayda değer bir etkinliği yoktur. Pepsinojen midedeki hidroklorik asit (HCl) ile tepkime verir ve pepsine dönüşür. Bu mekanizmanın amacı bu enzimin salgılandığı hücre veya kanala karşı olumsuz etkisini azaltmaya yöneliktir.