Kirleticilere karşı deniz sularının da kendilerini temizleme mekanizmaları vardır. Otoepürasyon, doğal ve insanların neden olduğu kirlenmeyi önlemeye yetmiştir. Bugün birçok durumda bu etki için yeterli zaman kalmamakta ve deterjanlar gibi bazı kimyasal maddelerin çevreyi etkilemeleri ile otoepürasyon engellenmektedir. Kirlenme gelişmenin karşılığıdır, halkın çoğalması, üretim ve tüketim kapasitesinin artması oranında artmaktadır. Bunun yanında gelişme yeni arıtma teknolojileri ile bu kirlenmenin önlenmesine yönelik çalışmalara da hız getirmiştir.
Otoepürasyon mekanizmaları
Fiziksel
- Absorbsiyon: Partiküllü maddeler dibe çökerken bakterileri de sürükleyerek dibe çöker ve ışık almayan, oksijenin az olduğu ortamda bakteriler ölür.
- Dilüsyon: Bakteriler veya kimyasal maddeler gibi kirleticiler dağılırlar ve yoğunlukları düşer.
- Işık: Derinlik arttıkça ışık etkisi azalır, belli bir derinlikten sonra ışıksızlık bakterileri öldürür.
- Isı: Düşük sıcaklıklar bakterilerin üremesini engeller ve bir süre sonra bakteriler (sporlular hariç) ölürler. Ayrıca ısının düşmesi kimyasal olayları da azaltır.
Kimyasal
- Tuzluluk: Tuzluluk arttıkça bakteri ve virüs üremesi azalır (Bazı Stafilokok türleri hariç)
- Kimyasal maddelerin azlığı da bakteri üremesini engelleyen bir diğer etmendir.
Biyolojik
Bakteri yiyen plaktonlar, bakteriofajlar bakteri üremesini azaltır. Midye, balıklar ve yumuşakçalar oksijen almak için deniz suyunu filtre ederken bakterileri de tutarlar ayrıca antibiyotik türü maddeler de salgıladıkları bilinmektedir.