Sümer efsanelerine göre Tanrı Enlil (Akad dilinde Bel) bu kentte yaşamıştı.Nippur`da toplanan tanrılar meclisinin kararlarını insanlara bildiren Enlil, aynı zamanda gücün de temsilcisiydi.Bir başka inanca göre de Enlil insanı Nippur`da yaratmıştı.Ülkeyi ele geçiren her kral, Enlil`in kutsal yönetme gücüne sahip olabilmek için törenler yaparak kendini kutsamaya çalışırdı.Bu nedenle, Mezopotamya`yı hangi hanedan yönetirse yönetsin, Nippur ve kentteki Enlil Tapınağı kutsallığını korurdu.
ABD`li uzmanlar Mezopotamya`daki ilk arkeolojik kazılarını 1889-1900 arasında Nippur`da yürüttüler; 1948`de bu çalışmaya yeniden döndüler.Kentin doğusunda ortaya çıkarılan Sümer tabletleri nedeniyle bu yöreye katipler mahallesi adı verildi.Nippur kazıları, Sümer yazısıyla ilgili bilgilerin temel kaynağını oluşturdu.1990`daki kazılarda Şifa Tanrıçası Bau`ya (Gula) adanmış büyük bir tapınağa rastlandı.
Kentin Tarihöncesine ilişkin çok az bilgi bulunmakla birlikte, MÖ 2500`de bugün yıkıntılarının kapladığı alana yayılmış olduğu ve surlarla çevrildiği sanılmaktadır.Daha sonra Ur`un 3. sülalesinin ilk kralı Ur-Nammu (MÖ 2112-2095) Enlil Tapınağı`nı bugünkü biçimine getirdi, duvarlarla çevrili bir avluda bir ziggurat ve tapınak yaptırdı.
Enlil Tapınağı`yla çevresindeki duvarların üstüne daha sonraları Part yapıları kuruldu.MS 3. yüzyılda gerileyen kent, 12 ya da 13. yüzyılda tümüyle terk edildi.