Rus İmparatorluğu Ordusunda doktor olan bir ailenin oğlu olarak Helsinki`de doğdu. Tsarskoye Selo klasik gymnasiumda öğrenim görmek için St.Petersburg`a gitti. Anna Ahmatova`nın öğrencisi oldu. 1907`den 1914`e kadar eğitim aldı ve 1914`de sanat tarihçisi olarak mezun oldu, kariyerine eleştirmen ve editör olarak başladı.
Böyle okullarda akmeizm, konstrüktivizm ,formalizm ile birlikte diğer kültürel ve sanatsal gelişmelere olan ilgisi Punin`i Rus sanat tarihinin önemli figürlerinden biri yaptı.