Tolon limanından 19 Mayıs 1798 tarihinde ayrılan Fransız donanması, 9 Haziran tarihinde Malta adasını istila etmiştir. 1 Temmuz’da İskenderiye limanında Fransız birlikleri Mısır topraklarına ayak bastı.
Akdeniz’de devriye gezen, Horatio Nelson komutasındaki İngiliz donanmasıyla adeta köşe kapmaca oynayarak ordusunu Mısır’a intikal ettiren Napolyon, Piramitler Savaşı’nda Memluk ordusunu yenilgiye uğratmıştır. Daha uzun menzilli olan ve daha isabetli atış yapabilen Fransız topçusu karşısında Osmanlı topçusu etkili olamamıştır. Fransız topçu bataryaları, Memluk geleneğini izleyen süvari birliklerini dağıtmış, Osmanlı piyadesi ise benzer nedenlerle başarılı olamamıştır. Napolyon, askerlerini yüzleri dışa dönük olarak kare düzeninde dizmiş, karenin iç boşluğuna topçu bataryalarını yerleştirmiştir. Böylece topçu bataryaları her yönde atış yapabilecek ama piyadenin yüksek atış gücüyle güvende olacak şekilde yerleştirilmişti.
Nelson komutasındaki İngiliz donanması 1 Ağustos 1798 tarihinde Fransız donanmasını Abukir koyunda demirlemiş halde saptamıştır. Aynı tarihte gerçekleşen Nil Savaşı’nda İngiliz donanması parlak bir zafer kazanmıştır.
Napolyon, Nil Savaşı’nın ardından Kahire’ye ilerlemiştir. Kahire’yle birlikte tüm Mısır’a hakim olan Napolyon, Osmanlı sarayı ile sürtüşme içinde olan Memluk beylerini tasfiye etmek, sulama projeleri, okul ve hastane inşaasına girişmek gibi düzenlemelere başlamıştır. Yanında götürdüğü bir bilim heyeti de derhal arkeolojik kazılara ve bilimsel araştırmalara girişmiştir. Aynı zamanda Akdeniz’le Kızıl Deniz’i birbirine bağlayacak bir suyolu kazılması konusunda fizibilite çalışmaları başlatılmıştır.
Ancak söz konusu inşaa işlerinde kullanılmak üzere birçok antik kalıntının taşları sökülmüştür. Ne gariptir ki Rosetta Taşı bu yıkım sırasında bir rastlantı olarak bulunmuştur ve Antik Mısır Hiyerogliflerinin çözülmesini sağlayacak olan temel belgedir.
Napolyon’un Fransa ile tek bağlantısı olan donanmanın bu şekilde imha edilmesi, onu zor duruma düşürmüştür. Ordularını Filistin yönünde yürüyüşe kaldırarak Osmanlı Devleti üzerine yürümüştür. 18 Mart 1799 tarihinde küçük bir liman kenti olan Akka kalesi önlerine gelen Fransız orduları, yetmiş yaşın üstündeki Cezzar Ahmet Paşa komutasındaki kaleye ertesi gün saldırıya geçmişlerdir. Gece gündüz sürdürülen topçu ateşi ve ard arda girişilen taarruzlar Akka savunmasında bir gedik açamamıştır. Napolyon, 21 Mayıs tarihinde kuşatmayı kaldırıp Kahire’ye çekilmiştir.
Mısır’daki ılımlı işgal tutumu, Fransız ordularının Filistin yönünde ilerlemeleriyle bozulmuştur. Akka’dan çekilirken savaş esirlerinin öldürülmesi, yerli halk üzerindeki mali yükümlülüklerin arttırılması, bir süre sonra isyanlara yol açacaktır.
Napolyon, Akka yenilgisinden kısa bir süre sonra ordusunu Mısır’da bırakarak Fransa’ya dönmüştür.
Mısır Seferi, her ne kadar sonucunda başarısız olan bir sefer de olsa, çok daha ciddi bir sonuca işaret etmektedir. İngiltere’nin denizlerdeki hakimiyeti, Fransa’yı Kıta Avrupası’nda kalmak durumunda bırakmaktadır. Fransa, denizaşırı maceralara girişmek konusunda yeterli olamayan bir donanmaya sahiptir. Bu gerçeği Fransa öylesine derin bir umutsuzlukla yaşamıştır ki, hiçbir şekilde destekleyebileceğine, yararlanabileceğine inanmadığı Kuzey Amerika’daki Louisiana arazilerini, hektarı altı sent gibi son derece düşük bir fiyatla Amerikalılara satmıştır. Satılan bu topraklar, o tarihteki Amerika kontrolü altındaki topraklara eşit bir alandır.
Fransız ordusu, 1881 yılına kadar Mısır’da kalmıştır. 1882 yılından itibaren Mısır’da İngiliz askeri ve politik varlığı hüküm sürmüştür. İzleyen yıllarda Fransa sık sık İngiltere’nin Mısır’daki işgalini çekmesi yönünde baskı yapmışsa da 1904 tarihli İngiliz-Fransız Sömürge Antlaşması’yla bu işgali resmen tanımıştır.