Daha önce bu sayfada bahsi geçen, Azerbaycan bayrağından farklı bir Nahçıvan bayrağı hiç bir zaman söz konusu olmamıştır. Azerbaycan Cumhuriyetinin sahip olduğu tüm devlet simgelerinin tamamı Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti için de geçerlidir. Şu an Azerbaycan bayrağı olarak kullanılan, mavi, kırmızı ve yeşil renkli bayrak ilk defa 1988 yılında Nahçıvan`da kullanılmaya başlanmış. Ve daha sonra, 90`lı yılların başında Nahçıvan`ın resmi bayrağı olarak kabul edilmiştir. Azerbaycan Cumhuriyetinin genelinde ise, aynı bayrak bir kaç ay sonra tekrar kullanılmaya başlanmıştır.
Hatırlatmak gerekirse, bahsi geçen bayrak ilk defa 1918 yılında ilk, Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti döneminde kabul edilmiştir.