Osmanlı saldırısını önlemek için Suriye`deki Akka`yı alma girişimi (Mart 1799) sonuçsuz kalan Napolyon, Abukir`e çıkan Osmanlı kuvvetlerini yenilgiye uğrattıysa da (Temmuz 1799) seferin çıkmaza girdiğini görerek Mısır`dan gizlice kaçtı.Fransız kuvvetlerinin komutanlığını üstlenen Jean-Baptiste Kleber, Mısır`ı boşaltmak için Ocak 1800`de Osmanlılar ve İngilizlerle anlaşmaya vardı.İngiliz hükümetinin anlaşmayı tanımaması nedeniyle başlayan çarpışmalar sırasında, Osmanlıların ele geçirdiği Kahire`yi geri alarak Fransız otoritesini yeniden sağladı.Kleber`nin öldürülmesinden sonra yerini alan Abdullah Jacques Menou, Fransız işgalini sürdürmek üzere yeni önlemler aldı.Ama üç koldan saldırıya geçen Osmanlı ve İngiliz birlikleri 1801`de Fransız kuvvetlerini teslim olmaya zorladı.
Fransız işgalinin en önemli sonucu Mısır`ın Doğu Sorunu`nun bir parçası olarak İngiliz-Fransız rekebetinin yörüngesine girmesi oldu.Öte yandan Mısır Batı kültürünün etkisine açıldı ve Mısır Enstitüsü`nü oluşturan Napolyon`un bilginleri Eski Mısır biliminin temelini attı.Bir başka önemli sonuç da Fransız işgalinin Memluk beylerinin gücüne ağır darbe indirmesiydi.Rakip gruplara ayrılan yeni Memluk önderleri Osmanlı ve İngiliz kuvvetleriyle uzlaşmak zorunda kaldı.