Bir çiftçi ailesinden geliyordu.1948-1949 yıllarında Kampala`daki Makerere College`da öğrenim görürken siyasi eylemleri nedeniyle okuldan uzaklaştırıldı.Sömürge hükümeti, ABD ve Almanya`dan önerilen burslardan yararlanmasını da engelleyince 1950`de Kenya`ya gitti.Orada çeşitli işlerde çalışırken bağımsızlık hareketine katıldı ve Kenya Afrika Birliği`ne girdi.
1957`de ülkesine dönerek Uganda Ulusal Kongre Partisi`ne üye oldu; ertesi yıl yasama meclisine girdi.Ulusal Kongre Partisi bölününce, Uganda Halkının Birliği örgütüyle birleşerek Uganda Halk Partisi adlı partiyi kurdu.Partinin başlıca amacı, Kral II. Mutesa hükümdarlığındaki güçlü Buganda devletinin Uganda`daki varlığına son vermekti.1961`de Obote uzlaşma yoluna giderek Buganda`nın Uganda içinde federal statüye sahip olma isteğini kabul etti.Bu amaçla, Uganda Halk Kongresi`yle Buganda`nın Kabaka Yekka (yalnızca Kral) Partisi arasında bir ittifak oluşturuldu.Buganda ile arasındaki çelişkinin iyice keskinleştiği 1966`da Obote, Mutesa`yı devirip Buganda hükümetinin dağıttı.İzlediği merkeziyetçi politikayla Buganda`yı denetimi altında tutan yönetici sınıfın gücünü kırmaya çalıştı; yönetimini meşrulaştırmak amacıyla 1967`de yeni bir anayasa hazırlattı.
1960`ları sonlarında giderek sola kayan Obote, Tümgeneral İdi Amin`in birlikleri ile kralcı Bugandaların oluşturduğu bir kuvvet tarafından 1971`de devrildi.Amin`in de 1979`da Tanzanya birliklerinin yardımıyla görevden uzaklaştırılmasından sonra , Uganda Ulusal Kurtuluş Cephesi, geçici bir hükümet kurarak Yusufu K. Lule`yi cumhurbaşkanlığına getirdi.İktidar birkaç kez el değiştirdikten sonra yapılan seçimlerde, Mayıs 1980`de sürgünden dönmüş olan Obote cumhurbaşkanı seçildi.İktidara dönüşünden sonra, çok partili, parlamenter demokratik bir sistem yerleştirdi ve ekonomide istikrarlı bir gelişme sağladı.Ama, bir yandan Ulusal Direniş Ordusu (NRA) gerillalarının saldırılarını önlemekte, öbür yandan ordunun hedef ayırt etmeyen misillemelerini denetlemekte yetersiz kalması hükümeti yıprattı.Ülke içinde ve dışında şiddetli eleştirilere hedef olan Obote, 1985`te Bazilio Olara-Okello ve Tito Okello önderliğindeki birlikler tarafından 27 Temmuz 1985`te devrildi.
Devrildikten sonra, önce Tanzanya ardından Zambiya`ya gitti.Ölümünden aylar önce Uganda`ya dönmesine izin verilen Obote böbrek yetmezliğinden yaşamını yitirdi.Uganda`da düzenlenen bir devlet töreniyle defnedildi.