1993-1994 eğitim-öğretim yılında Fen-Edebiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Mersin Meslek Yüksekokulu, Gülnar Meslek Yüksekokulu, Mut Meslek Yüksekokulu, Tarsus Meslek Yüksekokulu ile lisansüstü programlarını yürütecek Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüleri'ne öğrenci alarak eğitim-öğretime başlamıştır. 1995-1996 eğitim-öğretim yılında Su Ürünleri Fakültesi, 1998-1999 eğitim-öğretim yılında Tıp Fakültesi faaliyete geçmiştir. 15 Mart 1999 tarihinde de Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Merkezi (Hastanesi) hizmete açılmıştır.
Mersin Üniversitesi mevcut 6 fakültesine, 1999 yılında Eğitim, Mimarlık Fakültelerini, 2000 yılında Eczacılık Fakültesi'ni, 2001 yılında Tarsus Teknik Eğitim ve İletişim Fakültelerini ekleyerek fakülte sayısını 11'e çıkarmıştır.
Devlet Konservatuvarı, 1994-1995 eğitim-öğretim yılında orta öğretim düzeyinde öğrenci alarak açılmış; 1997-1998 eğitim-öğretim yılında lisans programına başlamıştır. 1998-1999 eğitim-öğretim yılında Sağlık Yüksekokulu, 1999-2000 eğitim-öğretim yılında Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, 2002-2003 eğitim-öğretim yılında Takı Teknolojisi ve Tasarımı Yüksekokulu öğrencili olarak öğretime başlamıştır. 2001 yılında Rektörlük Yabancı Diller Bölüm Başkanlığı'nın Yabancı Diller Yüksekokulu'na dönüştürülmesiyle yüksekokul sayısı 6'ya; Erdemli, Silifke, Anamur, Aydıncık Meslek Yüksekokullarının da açılmasıyla Meslek Yüksekokulu sayısı 8'e çıkmıştır.
Üniversitemizde Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüleri'nin yanı sıra, Sağlık Bilimleri Enstitüsü 1999-2000 eğitim-öğretim yılı bahar yarıyılından itibaren faaliyete geçerek yüksek lisans ve doktora düzeyinde eğitime başlamıştır.