Lesoto Bayrağı, 4 Ekim 2006 tarihinde kabul edilmiştir. Bayrak, mavi, beyaz ve yeşil üç şeritten oluşur ve bayrağın tam ortasında (ortadaki beyaz şeridin ortasında) bir Basotho şapkası yer alır. Bu bayrak, Lesoto`nun bağımsızlığının 40. yıl dönümü şerefine kabul edilmiştir. Bu yeni bayrak, ülke barışının ve barış yöneliminin bir simgesidir.
Eski Bayraklar
Lesoto`nun ilk bayrağı 4 Ekim 1966`da, ülkenin bağımsız olduğu gün kabul edilmiştir. Bayrağın üzerindeki en belirgin figür beyaz bir Basotho şapkasıdır. Bu şapkada kullanılan beyaz renk barışı simgeler. Bayrağın hakim rengi olan mavi gökyüzü ve yağmuru, yeşil toprağı ve kırmızı inancı sembolize eder.Lesoto`da 20 Ocak 1987`de yeni bir bayrak kabul edilmiştir. Bu bayrak 20 yıldır iktidarda bulunan Basotho Ulusal Partisi`nin askeri darbeyle yıkılmasnın ardından benimsenmiştir. Basotho`nun geleneksel beyaz şapka figürünün yerini bu bayrakta açık kahverendi Basotho kalkanı, "assegai" (mızrak) ve "knobkierie" (sopa) almıştır. Bayrağın renkleri ve şekli de değişmiştir. Çapraz duran beyaz şerit barışı, çapraz açık mavi şerit yağmuru ve çapraz yeşil şerit ise refahı temsil eder.
Hernekadar, 1993 yılında askeri idare yerini demokratik hükümete bıraktıysa da ülke içinde bayrak üzerinde yoğun tartışmalar yaşanmıştır. Bu ikinci bayrak askeri cuna ile özdeşleştirilmiş ve değiştirilmesi yönünde kamudan talep gelmiştir.