Leabua Jonathan (d. 30 Ekim 1914 - ö. 5 Nisan 1987), Lesotholu siyasetçi. Jonathan, Afrika ülkesi Lesotho'nun henüz Basutoland adı ile Birleşik Krallık koloni bölgesi iken ülkenin ikinci başbakanı olarak makama seçilmiş, bu görevi ülkesinin Lesotho ismi ile bağımsızlığını kazanması esnasında da sürdürmüştür. Jonathan 1986 yılında kendisine karşı gerçekleştirilen askerî darbe ile görevden uzaklaştırılmıştır.
Jonathan, Basuto halkının kurucusu ve şefi olarak değerlendirilen I. Moshoeshoe'nun soyundan (torun) olup, morena olarak adlandırılan şeflerden biri olan Jonathan Molapo'nun eşlerinden birinin çocuğu olarak dünyaya gelmiştir. İlk öğrenim hayatını altıncı sınıftan sonra bırakan Jonathan, kömür madenlerinde çalışmak üzere Güney Afrika'ya gitmiştir. Burada bir müddet kaldıktan sonra yeniden ülkesine dönen Jonathan, 1937 yılından itibaren yerel yönetimde çalışmaya başlamıştır. Bu süreçte yerel olarak bölgede kaybolan ve çalınan büyükbaş hayvanlardan sorumlu olmuştur. Yönetime girmesi ile birlikte çevresini de genişletmeye başlayan Jonathan, Basutoland'da görevli Güney Afrikalı hukukçu Patrick Duncan ile tanışması ile birlikte siyasete de ilgi duymaya başlamıştır. Kral naibi Mantsebo Amelia 'Matsaba'nın danışmanı olarak göreve başlayan Jonathan, Basutoland'ın kendi kendine yönetilmesi talebi ile Londra'ya gönderilen delegenin de içerisinde yer almıştır.
1959 yılında Basutoland Ulusal Partisi'ni (Basutoland National Party - BNP), Basutoland Afrika Kongresi'ne (bağımsızlık sonrası Basuto Kongre Partisi) (Basotho Congress Party - BCP) alternatif olarak kuran Jonathan, katıldıkları ilk seçimler olan 1960 seçimlerinde bir varlık gösterememiştir. İlerleyen süreçte hiçbir parti ile bir ortaklığa gitmeyen Jonathan,Apartheid rejimine karşı Güney Afrika'dan finansal ve personel gücü sağlayan Jonathan, 1965 yılında gerçekleştirilen seçimleri az bir farkla da olsa kazanmayı başarmıştır. Bu seçimlerde partisi kazansa da kendisi vekillik elde edemediği için ülkenin ilk başbakanı olma görevini Sekhonyana Nehemia Maseribane'ye veren Jonathan, 7 Temmuz 1965 tarihinde gerçekleştirilen ara seçimlerde sandalye elde ederek ülkenin ikinci başbakanı olarak göreve başlamıştır.
1966 yılında kendi başbakanlığı döneminde ülkesinin Lesotho ismi ile bağımsızlığını kazanmasını sağlayan Jonathan, Kral II. Moshoeshoe ile girdiği iktidar mücadelesinde daha fazla yetkiyi elde ederek güçlenmiş, Güney Afrika ile olan ilişkisini daha da arttırmıştır. 1970 yılında gerçekleştirilen seçimlerde partisi BNP'nin rakibi BCP'ye karşı mağlup olması neticesinde olağanüstü hâl ilan eden Jonathan, seçimlerin de geçersiz olduğu ifade etmiştir. Bu süreçte birçok muhalif tutuklanırken, kral II. Moshoeshoe bir müddet sürgüne kaçmak zorunda kalmıştır. Seçimlerin iptali ile Jonathan yayımladığı bir kararname ile ülkedeki yönetimi yeniden ele almıştır. Muhalefetin seçimlerin iptal edilmesini kabul etmesi sonucunda anayasayı kısmen de olsa yeniden yürürlüğe koyan Jonathan, yeni bir seçim için herhangi bir girişimde bulunmamıştır. Bu süreçte ne BCP içerisinde bir kesimin darbe girişimi, ne de ilerleyen dönemlerde Güney Afrika desteği de elde eden Lesotho Kurtuluş Ordusu saldırıları Jonathan iktidarını düşürmeyi başaramamıştır.
1970'li yılların sonlarına doğru birçok alanda kendisine bağımlı olmasına rağmen Güney Afrika'da uygulanan Apartheid politikalarını eleştirmiş, açık bir şekilde Afrika Ulusal Konseyi'ne desteğini ifade etmiştir. Bu yaşananlar neticesinde Güney Afrika komando birlikleri Lesotho içerisinde saldırılar gerçekleştirmiş, birçok Lesotholu bu saldırılarda ölmüştür. Bu adımlara karşı Jonathan Kuzey Kore gibi sosyalist ve komünist ülkeler ile ilişkilerini geliştirme çabasına girmiş, bu ülkelere Lesotho'da elçilik açabilmeleri imkanını sağlamıştır.1985 yılında yeni bir seçimin olacağını duyurmasına rağmen muhalefet partileri bu seçimleri boykot edeceklerini açıklamış, bu açıklamaların ardından da Jonathan herhangi bir seçim ve sayım işlemi olmadan partisini seçimlerin galibi olarak ilan ederek makamındaki yerini korumuştur.
Güney Afrika ile yaşanan gerginliğin bir sonucu olarak 1985/86 geçiş döneminde Güney Afrika, Lesotho'ya olan tüm sınır kapılarını kapatarak ürün geçişini engellemiştir.
20 Ocak 1986 tarihinde kendisine karşı Tümgeneral Justin Lekhanya tarafından gerçekleştirilen askerî darbe ile makamdan uzaklaştırılan Jonathan, Ağustos 1986'da ev hapsine alınmıştır.
Jonathan 5 Nisan 1987 tarihinde 72 yaşında mide kanseri hastalığına bağlı olarak ölmüştür.