Minnesota Üniversitesi`nde okumuştur. Üniversite yıllarında çello ve piyano çalmıştır. Minneapolis`te yaşarken, mezuniyetinin ardından bas gitar çalmaya başlamıştır.
Daha sonra arkadaşları Joachim Breuer ve Matt Entsminger ile Janitor Joe adında bir grup kurarlar. 1993`te bir turneye çıkarlar ve turnenin California durağında Pfaff, Hole grubundan o sırada gruba yeni bir basçı arayan Courtney Love ve Eric Erlandson ile tanışır. Love onu bas çalması için Hole`a davet eder, ama Pfaff kabul etmez ve Minneapolis`e döner, ama Love ve Erlandson peşini bırakmaz. Pfaff, yine 1993`te nihayet Hole`a girmeyi kabul eder ve Minneapolis`ten Seattle`a taşınır. Erlandson, Pfaff`ın gruba katılmasıyla ilgili, "Nihayet gerçek bir grup olmuştuk, bu bizim çıkışımızdı." demiştir.Live Through This albümünü kaydederken Erlandson ve Pfaff aşık olurlar ve 1993`ün geri kalanını birlikte yaşayarak geçirirler. Tabii ki Seattle`da yaşayan birçok sanatçı gibi Pfaff`ta kendini uyuşturucudan kurtaramaz. Yakın arkadaşı Kurt Cobain, 5 Nisan 1994`te fazla doz uyuşturucu alarak ölünce Pfaff kendisi hakkında endişelenmeye başlar ve uyuşturucudan uzaklaşabilmek için Minneapolis`e dönüp Janitor Joe`ya tekrar katılmaya karar verir. Ancak Minneapolis`e doğru hareket etmeyi planladığı gün, 16 Haziran 1994`te, banyo küvetinde ölü bulunur. Yerde ise bir şırınga ve eroin vardır. Ölümü hakkında "Ölümünden bir önceki gece konuştuğu herkes onun çok mutlu olduğunu ve Minneapolis`e dönüp yeni bir hayata başlamak için çok heyecanlı olduğunu söylüyor." demiştir Erlandson. Kristen Pfaff`ın cesedi Buffalo`da yakılmıştır.