İkonakırıcılık akımı sırasında bir hayli tahrip edilmiştir. Latin istilasından sonra ciddi bir onarımdan geçmiş günümüzde Koca Mustafa Paşa Camii`nin esasını oluşturan kilise inşa edilmiştir. İstanbul`un fethine kadar manastır ve kilise olarak faaliyet gösteren bina 1486`da camiye dönüştürülmüştür.
Kaynak
- cite journal |last= |first= |authorlink= |coauthors= |year=1999 |month= |title=Bizans |journal=Cogito |volume=Kış |issue=17 |pages= |id=ISSN 1300-2880 |url= |accessdate= |quote=