1993 yılında Raks Müzik etiketli “Son Şarkılarım” adını verdiği albümünde yine kendisine ait on şarkı yer aldı. Düzenlemeleri Erdal Kızılçay’ın yaptığı albümde İskender Paydaş, Hakan Kurşun gibi genç ve yetenekli isimler çalıştı. “Sarı Şekerim”, “Vazgeçmem”, “Aman”, “Kardeşiz Senle” gibi şarkıların öne çıktığı albüm yine yüksek bir satış grafiği yakaladı.
Kayahan, iki yıl sonra, 1995’te “Benim Penceremden” adlı albümüyle müzik yolculuğunu sürdürdü. Bu albümde ise “Sevenleri ayırmayın, sevenler ayrılmayın” sloganıyla çıktı müzikseverlerin karşısına. Tutkulu aşkları, gönülde yara açan ayrılıkları “kendi penceresinden” sekiz şarkıya döktü. Çıkış parçası “Ben Anadolu Çocuğuyum” da kültüren erozyon karşısındaki tepkisini dile getirdi. “Allah’ım Neydi Günahım” ise pek çok sanatçı tarafından icra edilerek büyük başarı sağladı. Bu albümle birlikte Demet Sağıroğlu’nun ardından müzik dünyasını yeni bir yetenekle tanıştırdı. Bu genç yetenek, 1999’da hayıtını birleştireceği İpek Tüter’di.
Kayahan, 1996’da “Canımın Yaprakları” adlı çalışmasını da “Allah kimseyi sevgisiz bırakmasın” sloganıyla piyasaya sundu. Bir insanın sevgiyi, aşkı yitirdiği anda herşeyini kaybetmiş olacağını belirten Kayahan, “Sevgisiz hiçbir şey yapılmaz. Herşeyin başı sevgidir” sözleriyle “sevgi” kavramına verdiği önemi dilegetirdi. Erdal Kızılçay, İskender Paydaş ve Tamer Çıray üçlüsünün düzenlemelerini yaptığı albümde sekiz parçaya yer verildi. Bütün albüm kendi evinin stüdyosunda low-fi teknoloji kullanılarak hazırlandı. Sekiz parçasını da ardarda konser atmosferinde kaydetti ve kliplerinde konserlerinden yapılan çekimler kullanıldı.
Kayahan, hızını kesmeyerek ertesi yıl “Emrin Olur” adlı çalışmasını çıkardı. Albümün mutfağında önceki çalışmalarındaki isimler yer almakla birlikte düzenlemeleri Tamer Çıray’a kendisi yaptı. Albüme adını veren “Emrin Olur” çıkış parçası olurken “Atın Beni Denizlere”, “Eminem”, “Şampiyon” gibi şarkıları radyo ve televizyonların en çok istek alan parçaları arasındaydı.
1999 yılının Nisan ayında dokuzuncu albümü “Beni Azad Et” müzik marketlerde yerini aldı. Dokuz şarkının yer aldığı çalışmada, “Beni Azad Et”, “Yine Şişe Bitecek”, “Her Yerde Aynı” gibi hit parçalardan oluştu. Yılın büyük bölümünü geçirdiği Gömeç’ olan bağını ise “Gömeç” adlı şarkısında notalara döktü.
2000 yılının son ayının son günlerinde “Gönül Sayfam”ı piyasaya çıkaran Kayahan, albümünde “Sevdaya Mahsus”, “Kağıttan Kayıklarla”, “Söz Güzelim” gibi duygusal parçaların yanısıra “Ölmem mi Lazım”, “Aman Beni Unutma”, “Tek Delikli Kaval”, 17 Ağustos deprem felaketi için yazdığı “17 Ağustos”, kızı Aslı Gönül için bestelediği “Ninni” gibi çok beğeni alan şarkılar yer alıyor. Büyük Usta Kayahan 13 Aralık 2002 tarihinde ise “Ne Oldu Can” albümünü müzikseverlerin beğenisine sundu. Albümde “Ne Oldu Can”, “Bir Aşk Hikayesi”, “Onsuz Olmuyor” parçaları uzun bir süre dillerden düşmeyen parçalar oldu. Satış rekorları kıran Kayahan’ın bu albümünde ise meslektaşı Barış Manço için yazdığı “Bugün Aslında Bayram” parçası ile müziğe, sanatçılara sahip çıkmanın önemini birkez daha vurgulamış oldu.
Türk pop müziğine farklı bir soluk getiren sanatçının ilk büyük ödülü 1986 yılında katıldığı uluslarası Akdeniz Müzik Yarışması’nda “Geceler” adlı şarkısıyla kazandığı “Altın Portakal” oldu. 1989 yılında Eurovision Şarkı Yarışması’nda “Gözlerinin Hapsindeyim” adlı şarkısıyla Türkiye’yi başarı ile temsil etti. Son onbeş yılda tüm medya kuruluşları tarafından her yıl besteci, söz yazarı ve yorumcu olmak üzere konulan üç daldaki ödüllerin hepsine layık görüldü. Son olarak 2003 yılında Altın Kelebek Onur ödülü ve “Ne Oldu Can” albümün satış başarısı için Müyap ödülü aldı.
Yurtiçinde ve yurtdışına pek çok konser veren Kayahan, 1992 yılında 29 Ekim Cumhuriyet Bayramı nedeniyle Ankara Kızılay Meydan’ında yüzatlmış bini aşkın izleyiciye verdiği konserle tarihe geçti. Doğa ve çevre konusundaki duyarlılığı ile de tanınan Kayahan, insanların bu konulara olan ilgisini arttırmak amacıyla pekçok yardım konseri vermekte, gönüllü olarak çalışmalara katılmaktadır.