Burckhardt hazırlık olarak Cambridge Üniversitesi`nde Arapça çalıştı, bu arada astronomi, tıp, kimya ve maden bilimi derslerine de devam etti. Kendisini bekleyen zorlu göreve alışabilmek için başı açık şekilde sıcak havalarda İngiltere`de dolaşarak, sebze ve suyla beslendi, açık havada uyuyarak kendisini hazırlamaya çalıştı.
İngiltere`den 14 Şubat 1809`da ayrılarak Malta`ya giden Burckhardt, planladığı gibi, izleyen sonbaharda da, Arapçasını geliştirmek ve İslam Hukukunu öğrenmek için Halep`e gitti.
Doğudaki hayat hakkında daha iyi bilgi edinebilmek için kendisini müslüman bir tacir olarak tanıttı ve Şeyh İbrahim İbn Abdullah ismini kullandı. Ailesi yalanlasa da, gerçekten müslüman olduğuna dair ciddi işaretler bulunmaktadır.
Bölgede geçen iki yılın sonunda Arapçasını, Kur`an ve İslami bilgisini geliştirdi, buradaki uzman kişilerce yeterli bulunarak icazet aldı.
Keşifleri ve ölümü
Burckhardt, Suriye`de bulunduğu süre içinde Palmyra, Şam ve Lübnan`ı ziyaret etti ve araştırmaya yönelik olarak bölgede çok sayıda gezi düzenledi. Bu gezilerden birinde, Ürdün`de bulunan ve neredeyse bin yıldır keşfedilmeyi bekleyen ünlü antik kent Petra`nın harabelerini (Avrupalılar açısından) keşfetti. Gezisinin asıl amacı olan Nijer nehrinin kaynağını keşfedebilmek için 1812 yılında Kahire`ye gitti. Amacı Libya`daki Fizan`a giden bir kervana katılmaktı.Burckhardt geçici olarak bu amaçtan vazgeçti ve Dar Mahass`a kadar Nil boyunca yolculuk yaptı ve batıya doğru bir geçiş yapmanın imkansız olduğunu anlayarak gezisini, yoksul bir Suriyeli tacir görünümü altında Nübye Çölü`ne doğru yöneltti. Kuzıldeniz üzerindeki Berber ve Şendi üzerinden Suakin`e ve oradan da Cidde yoluyla Hacca giderek hacı oldu. Mekke`de üç ay kaldıktan sonra Medine`ye geçti.
Pek çok sıkıntı ve yoksunluğa katlandıktan sonra 1815 Haziran ayında tükenmiş bir halde Kahire`ye döndü. Ancak 1816 ilkbaharında Sina dağına bir gezi düzenledi. Haziran ayında Kahire`ye döndüğünde, asıl amaçladığı Fizan seyahatı için yeniden hazırlığa başladı. Çok sayıda engel onun bu amacını geciktirdiyse de sonunda Nisan 1817`de, uzun zamandır beklenen kervan hareket etmeye hazır hale geldiyse de, kendisi dizanteriye yakalanarak 15 Ekim`de öldü. Haberlerini, notlarını ve çok sayıda seri haldeki mektubunu özenle arada sırada İngiltere`ye göndermiş olduğu için onun seyahati ile ilgili olarak ancak çok az bir ayrıntı eksiktir. Cambridge Üniversitesi Kütüphanesine yüzlerce ciltlik bir doğu yazıları koleksiyonunu vasiyet yoluyla bırakmıştır. Günlüğü 1822`de Londra`da "Suriye ve Kutsal Topraklarda Yolculuk" (Travels in Syria and the Holy Land)adıyla yayınlanmıştır. Bu eserde yer alan özellikle Arap ve Türkmen aşiretlerinin aile ve toplum yapıları hakkındaki bilgiler ilginç tesbitlerdir.
Eserleri
Eserleri daha sonra Afrika Derneği tarafından aşağıdaki düzen içinde yayınlanmıştır:- Travels in Nubia (Nubia`da Geziler)(buna ayrıca bir de biografi nitelikteki anılarını önsöz olarak eklemiştir) (1819)
- Travels in Syria and the Holy Land, 1882 (Suriye ve Kutsal Topraklarda Geziler).
- Travels in Arabia, 1829 (Arabistan Gezileri).
- Arabic Proverbs, or the Manners and Customs of the Modern Egyptians, 1830 (Arapça Deyimler, veya Çağdaş Mısırlıların Davranış ve Gelenekleri).
- Notes on the Bedouins and Wahabys, 1831(Bedeviler ve Vahhabiler Üzerine Notlar).