Müze, Akdeniz`e uzanan yarımadanın zirvesinde ve tarihi kalenin içindedir. Uzun yıllardır sürdürülen kazı çalışmaları ile Selçuklu Sultanı Alaaddin Keykubat`ın görkemli sarayının varlığı belirlenmiştir. Kazı çalışmaları devam etmektedir.
İçkale`deki saray kalıntısının hemen karşısında Bizans dönemine ait küçük bir kilise bulunur. Aya Yorgi ya da Hagios Georgios kilesinin 6. yüzyılda yapıldığı sanılmaktadır. Yonca planlı kilise, İçkale`de Selçuklu dönemine ait olmayan tek yapıdır ve Selçuklu`nun farklı dinlere gösterdiği hoşgörünün bir kanıtı olarak günümüze kadar gelmiştir. Kilisenin iç duvarlarında seyrek de olsa fresk izlerine rastlanmaktadır.
İçkale`de Seyirlik denen kısımdan, yukarıda Toroslar ve aşağıda Alanya`nın batı kıyısı seyredilir. İçkale`nde bir uçurumun üstündeki sarnıç, Adam Atacağı olarak anılır. Efsaneye göre, ölüm cezasına çarptırılanların buradan denize üç taş atmasına izin verilir, taş yamaca takılmadan denize ulaşırsa cezası affedilir, aksi halde suçlu bir çuvala konularak uçurumdan aşağıya atılırmış. 15 metre derinlikteki sarnıcın da zindan olduğu söylenir.