2001-2002 akademik yılında lisans kademesine öğrenci alarak öğretime açılan Üniversite, 4 Mart 2002 tarihinden itibaren yüksek lisans programlarını da açarak faaliyetlerini lisansüstü seviyede de sürdürmeye başlamıştır. Kuruluş kanununda 3 fakülte, 4 yüksekokul, 1 meslek yüksekokulu ve 2 enstitü bulunan İzmir Ekonomi Üniversitesi'nde, kamu, özel sektör ve uluslararası kuruluşlarla işbirliğinin gelişmesine katkıda bulunmak amacıyla 24.3.2002 tarihinde 'Sürekli Eğitim Merkezi (EKOSEM)' kurulmuştur.
03.02.2003 tarihinde 'İzmir İktisat Kongresi Araştırma Merkezi' kurularak üniversitemize bir araştırma birimi daha kazandırılmıştır. Ayrıca, Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı'nın onayı ile 28.03.2003 tarihinde 'Avrupa Birliği Araştırma ve Uygulama Merkezi' kurulmuştur.
17 Nisan 2003 tarihli ve 25082 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 2003/5442 sayılı Bakanlar Kurulu kararıyla 'Bilgisayar Bilimleri Fakültesi' ile 'Güzel Sanatlar ve Tasarım Fakültesi' kurulmuştur.