Üniversite bünyesinde ilk olarak Temel Bilimler Fakültesi ile Eğitim Fakültesi kurulmuştur. 28 Şubat 1977 tarihinde Temel Bilimler Fakültesi'nin Fizik, Kimya ve Matematik bölümlerine öğrenci alınmasıyla da fiilen eğitim-öğretime başlamıştır. Bununla birlikte, daha önce kurulmuş olan Çukurova Üniversitesi'ne bağlı Malatya İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi de müstakil olarak eğitim ve öğretime devam etmiştir.
1981 yılında Yükseköğretim Kurulu'nun oluşturulması ve 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun kabul edilmesinden sonra yayınlanan "Yüksek Öğretim Kurumları Teşkilatı Hakkında 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname" ile İnönü Üniversitesi yeni bir yapıya kavuşmuştur. Buna göre;Temel Bilimler Fakültesi Fen Edebiyat Fakültesi olarak, Çukurova Üniversitesi İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi'ne bağlı Malatya İktisadi ve Ticari İlimler Yüksekokulu'da İktisadi ve İdari İlimler Fakültesi olarak değiştirilmiştir. Milli Eğitim Bakanlığı'na bağlı Malatya Meslek Yüksekokulu da üniversiteye bağlanmıştır.
İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Mühendislik Fakültesi 1988-1989 Eğitim-Öğretim Yılı'nda eğitim faaliyetine başlamıştır.Darende İlahiyat Fakültesi, 1992-1993 Eğitim-Öğretim Yılı'nda Darende'de eğitime başlamış, 2001-2002 Eğitim-Öğretim Yılı'nda İnönü Üniversitesi kampüsüne taşınmıştır. Adıyaman Fen-Edebiyat Fakültesi, Matematik ve Türk Dili ve Edebiyatı bölümleri ise 1999-2000 Öğretim Yılı'nda eğitime başlamıştır. Bakanlar Kurulu'nun 2001/3249 sayı ve 24 Ekim 2001 tarih kararı ile kurulması onaylanan Eczacılık, Diş Hekimliği ve Güzel Sanatlar Fakültelerinden, Eczacılık Fakültesi 2002-2003 Eğitim-Öğretim Yılı'nda eğitime başlamıştır.
İnönü Üniversitesi, üniversal anlayışla ülke kalkınmasına hizmet edecek, kalifiye teknik eleman ihtiyacının giderilmesine büyük katkı olacak Meslek Yüksekokullarının açılmasına büyük önem vermiştir. Bu kapsamda, bugüne kadar 10 Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Ülkemizin ihtiyacı bulunan kalifiye sağlık elemanlarının yetiştirilmesi, verimliliğin artırılması ve Ebe, Hemşire ile Sağlık Memurluğu eğitiminin, Avrupa Birliği normlarına uygun olarak lisans düzeyinde gerçekleştirilmesi amacıyla Malatya ve Adıyaman'da olmak üzere iki Sağlık Yüksekokuluda 1997 yılında açılmıştır.
Eğitim ve öğretim birimlerinin yanı sıra yüksek lisans ve doktora öğretimini yürütmek amacıyla 1983 yılında Sosyal Bilimler Enstitüsü, 1984 yılında Fen Bilimleri Enstitüsü ve1993 yılında Sağlık Bilimleri Enstitüsü kurulmuştur.İnönü Üniversitesi bugün; 1086 akademik, 1027 idari personel ile öğrenciye eğitim-öğretim hizmeti vermeyi sürdürmektedir.