Saldırı sırasında II. John Paul, Vatikan`ın St.Peter Meydanı`nda 10 bini aşkın izleyicisini üstü açık arabası ile selamlamaktaydı. Tetikçi Ağca hemen olay yerinde yakalandı; II. John Paul 3 km ötedeki Gemelli Hastanesi`nde 5.5 saat süren bir ameliyata alındı. Yoğun kan kaybına rağmen II. John Paul ameliyattan başarı ile çıktı. Vurulmasından 4 gün sonra Ağca`yı affettiğini bildiren II. Jean Paul, Ağca`yı 27 Aralık 1983`te bizzat İtalyan cezaevinde ziyaret etti.
Suikast soruşturması boyunca 128 kez ifadesi alınan Ağca her seferinde farklı bir ifade verdi. 22 Mart 1986`da İtalya yasalarına göre ömür boyu hapis cezasına çarptırıldı. Soruşturmada eylemin arkasında kimin olduğu belirlenemedi.
Berlin duvarının yıkılması ile İtalyan istihbaratının 1999`da 600 sayfalık eski Çekoslovak gizli polis dosyalarını ele geçirmesi üzerine eylemi planlayanlar üzerine tartışmalar yeniden hareketlendi. Dosyalarda 13 Kasım 1979 tarihinde Sovyet otoritelerinin anti-komünist aktivitelerinden ötürü II. Jean Paul`ün yerinden indirilmesi ön görülmekteydi.
Devam eden İtalya soruşturmalarında Rus Askeri Gizli Servisi`nin bu işin arkasında olduğu öne sürülmüşsede talimatı kimin verdiği hala meçhuldur.
Suikast girişimiyle yaralanan II. Jean Paul o dönemden itibaren eski sağlıklı konumunu yitirdi. Kendisini ölümden kurtaranın Meryem olduğuna inanan II. Jean Paul, Katolik inancında Meryem kültünün hararetli savunuculuğunu yapmıştır.
