1985`te Kadıköy İmam Hatip Lisesi`ni, 1989`da İstanbul Üniversitesi Felsefe Bölümü`nü bitirdi. Ürdün Üniversitesi`nde (Amman) ve Arap Bilim Tarihi Enstitüsü`nde (Halep), bilim ve matematik tarihi üzerine araştırmalar yaptı (1990-1992). Yüksek lisans çalışmasını İ.Ü. Bilim Tarihi Bölümü`nde tamamladı (1993); aynı bölümde bir süre araştırma görevliliğinde bulundu. IRCICA yazmalar bölümünde araştırmacı olarak çalıştı (1987-1990, 1992-1996). Kısa bir müddet Kahire`de yazmalar üzerinde çalışmalarda bulundu (1994). İ.Ü. Felsefe Bölümü`ne geçti (1996) ve aynı bölümde doktorasını tamamladı (1988). Oklahoma Üniversitesi`nde (ABD) sahasıyla ilgili araştırmalar yaptı (2001-2002). 2005 yılında üniversitelerarası Kurulu`ndan doçentlik unvanını aldı.
"Felsefe-Bilim" tarihi ile matematik tarihi ve felsefesi üzerine yoğunlaşan İhsan Fazlıoğlu, özellikle bu yapıların İslam ve Türk Medeniyet Tarihi içerisindeki gelişmelerini yazma kaynaklara dayanarak incelemekte ve yayınlar yapmaktadır. Fazlıoğlu halen İ.Ü. Edebiyat Fakültesi, Felsefe Bölümü, Felsefe Tarihi Anabilimdalında öğretim görevlisidir.
Kitapları
- Türkiye Araştırmaları Literatür Dergisi, "Türk Bilim Tarihi", c. II, S. 2, İstanbul 2004
- Uygulamalı Geometri`nin Tarihine Giriş: el-İkna fi ilmi`l-misaha, Dergah Yayınları, İstanbul 2004
- Yaşamları ve Yapıtlarıyla Osmanlılar Ansiklopedisi, Yayın Kurulu Üyesi, c. I-II, Yapı Kredi Yayınları, İstanbul 1999
- Osmanlı Astronomi Literatürü Tarihi, Hazırlayanlar: Ramazan Şeşen - Cevat İzgi - Cemil Akpınar - İhsan Fazlıoğlu (Editör: Ekmeleddin İhsanoğlu), c. I-II, İstanbul 1997