Haplogrup (Modern Yunanca: ἁπλούς, haploûs, "tekli, saf"), benzer haplotip gruplarının tümünde ortak atadan gelen aynı tek nükleotid polimorfizmi (SNP) mutasyonuna sahip gen serilerinin oluşturduğu grup. Bir haplogrup benzer haplotiplerden oluşur ve bu sayede bir haplogrubu haplotiplerinden tahmin etmek mümkündür. SNP testi bir haplogrubu doğrular. Haplogruplar harflerle adlandırılır. örneğin R1b1 çeşitli sayı ve harf kombinasyonlarından oluşur. Y kromozomu ve mitokondriyal DNA haplogrupları farklı haplogrupları temsil eder. Haplogrupların oluşumları binlerce yıl öncesine dayanmaktadır.
İnsan genetiğinde, Y kromozomu (Y-DNA) haplogrupları ve mitokondriyal DNA (mtDNA) haplogruplarının her ikisi de farklı haplogrupları tanımlamak için kullanılır. Y kromozomu sadece erkekte bulunduğundan bu kromozomun haplogrupları babadan oğula düzenli bir şekilde geçerken, X kromozomu hem dişide hem erkekte de bulunduğundan mitokondriyal DNA halpogrupları anneden yavruya aktarılır. Böylece ne Y-DNA ne de mtDNA genetik içeriği mutasyonlar dışında değişmez.