Cündişapur (Farsça: جنديشاپور), günümüzde İran'ın Huzistan Eyaleti sınırları içinde bulunan eski bir şehir.
Şehir, Sasani Devleti'nin ikinci hükümdarı I. Şapur tarafından kurulmuştur ki şehrin yerini de bizzat kendisi belirlemiştir. I. Şapur, 259 yılı sonları ya da 260 yılı başlarındaki Edessa Muharebesi'nde Roma İmparatoru Valerianus'ı bozguna uğrattı ve 70.000'e yakın Roma askerini esir aldı. I. Şapur'un emriyle bu esirler Cündişapur'a yerleştirildi. Daha sonra Suriye'de bulunan sanatçı ve bilginler, Edessa'dan (günümüzde Urfa) sürülen Nestûrîlerve Atina'dan sürülen Yeni Eflâtuncu filozofların da buraya yerleştirilmesiyle şehir bir bilim merkezi olmaya başladı.
Hükümdar I. Hüsrev şehirde tıp ve felsefe öğretimi yapan bir okul açtırdı. Aristo ve Eflâtun’un bazı eserleriyle Kelile ve Dimne bu devirde Farsçaya çevrildi ve Fars edebiyatı altın devrini yaşamaya başladı. Yine şehirde Aramice eğitim yapan tıp okulunda Yunan ve Hint doktorlar görev yapmaktaydı.