Padişahın iradesiyle bir türbe yaptırılmıştır. Hazreti Halid bin Zeyd’in kabrinin bulunması ve burada bir türbe inşa edilmesinden sonra, şehrin ilk büyük selatin camii inşa edilmiştir. Bu yapılara bir medrese, hamam ve aşhane de eklenerek Türk çağının İstanbul’daki ilk külliyesi meydana getirildi. Yine padişah tarafından kurulan bir vakıf ile bu hizmet yapılarının yaşaması temin edilmiştir. İstanbul’un fethinin hemen arkasından inşa ettirilen bu külliye Eyüp yerleşmesinin çekirdeğini teşkil etmiştir. Yahya Kemal, 5 Mart 1922 tarihli Tevhid-i Efkar gazetesinde yayınlanan “Bir rüyada Gördüğümüz Eyüp” başlıklı yazısında; “Eyüp, Türklerin ölüm şehri Eyüp, Avrupa toprağının bittiği sahilde İslam cennetinin bir bahçesi gibi yeşil duruyor. Bu ölüm bahçesine bir defa girenler, kendilerini bir servi ve çini rüyası içinde kaybolmuş gibi hissettikleri zaman biliyorlar mı ki hakikaten bir rüyada bulunuyorlar?. Çünkü İstanbul’u fethetmeye gelen Türk ordularının hicretin 857’inci senesi baharında, surlara karşı gördükleri bir rüya idi. İşte o rüya, Haliç’in kenarında gördüğümüz yeşil şehir oldu.” demektedir. Eyüp Sultan için yaptırılan külliye tamamlandıktan sonra, etrafına evler inşa edildi. Fakat, nüfus bu yörede gelip geçici idi. Buraya halk taşradan yılın belirli günlerinde ibadet için gelirdi. Fatih Sultan Mehmed zamanında İstanbul’un iskanı için uygulananEyüp politikalar çerçeveler neticesinde Eyüp Sultan külliyesi çevresine Bursa’dan gelenler yerleştirilmiştir. Böylece dini bir anının etrafında şehrin önemli ve Bizans surları dışında, yeni bir yerleşme bölgesi kurulmuş oldu.
Fatih döneminde başlayan imar hareketleri, Sultan II.Bayezıt ve özellikle Kanuni Sultan Süleyman zamanında inşa ettirilen cami, medrese, imaret v.s. ve kırk çeşme su yollarının yapılması gibi büyük imar faaliyetleri ile devam ettirilmiştir. Bu dönemde Eyüp büyük gelişme göstermiş olup; Eyüp yerleşme dokusu, bir önceki döneme göre fazla yayılmamakla birlikte mevcut doku içinde önemli imar hareketleri olmuştur. Mimari yapı, malzeme ve süslemelerde yansıyan üslubu ile Osmanlı klasik döneminin en güzel örneklerini sergilendiği yapılar, burada gelişen sosyal ve kültürel ortamın da bir göstergesi olmuştur. Osmanlı metin ve belgelerinde sıklıkla, Haslar, Havas-ı Konstantiniye veya Havas-ı Refiye adlarıyla anılan Eyüp Kazası İstanbul’un dört büyük kadılığından biridir. 17.yüzyılın ikinci yarısındaki Eyüp’ü anlatan Robert Mantran, Başkentin dış mahallelerini anlattığı bölümde Eyüp için; “Surların içinde her hal-ü karda Türk’ün en kalabalık unsur olduğu karışık bir nüfus yaşıyorduysa da, surların dışında Halicin sağ (güney) kıyısında yalnızca Osmanlılar tarafından iskan edilen dış mahalleler büyümüştür. Bunların başlıcası olan Eyüp o kadar önemli bir noktaya gelmiştir ki, özel bir yargı alanı meydana getirmekte, kendi kadısı, kendi subaşısı ve mütevellisi bulunmaktadır. Eyüb, saf bir şekilde Türk olan bir merkezdir.... Kutsal bir ziyaret ve saygı yeri olan Eyüb, kalabalık, faal ve müreffeh bir kenttir.... Dükkancılar, balıkçılar, zenaatkarlar, bahçıvanların yanı sıra, çok sayıda din adamı -ulemalar- bu kutsal yerde yerleşmek üzere gelmişlerdir. Ve gene kutsallık zihniyeti içinde ekabiran ve yüksek kişilerde burada ikamet etmekte veya burada kendilerine konut yaptırmaktadırlar. Cuma günü belde müminler kalabalığı tarafından istila edilmektedir ve kaymakçı ile yoğurtçu dükkanları bereketi tatmaktadırlar....
Buraya gelen İstanbul müslümanları, ticaret, kazanç, kar hırsı ve yönetim kavgalarının dışarıda bırakıldığı bu kentte, kafirlerle ilişkiden uzak bir şekilde, kendilerini gerçekten evlerinde hissetmektedirler. Eyüb, büyük kentin soysuz ve yozlaşmış dünyasının yanında sığınılacak bir liman gibidir” demektedir. Evliya Çelebi’nin verdiği bilgilere göre Eyüp Kadılığı; “500 akçelik bir Mevleviyettir. Kaza 700 köye yayılmaktadır, 16 nahiye naibi vardır; yıllık adalet geliri 10.000 guruştur. Bağı ve bahçesi çok mamur bir şehirdir. Dokuz bin sekizyüz kadar saray ve evi vardır.... Çarşısında tam bin seksen beş tane dükkan vardır. Bedestanı yoktur. Fakat bütün kıymetli eşyaları dükkanlarda bulmak mümkündür. Kavaf çarşısı, halis süt çarşısı ve Masumlar çarşısı mükellef ve süslü çarşılardır. Bu çarşının yoğurt ve kaymağı lezzetli, berber dükkanları pek süslüdür. Her Cuma binlerce kişi Hazreti Eba Eyyubu ziyaret için geldiklerinden, o gün çarşı ve Pazar insan denizi halini alır. Zevk sahipleri kaymakçı dükkan balkonlarında oturarak halis süt, beyaz peynir, saf bal yiyip safa ederler.... Eyüp şehrinin suyu, havası güzel, kadın ve erkeklerinin güzelliği methedilir. Ayan ve eşrafı çoktur. Halkının çoğunu bilginler meydana getirir. Eyüb şehrinin has ekmeği, kaymağı, yoğurdu, şeftalisi ve kayısısı meşhurdur. Eyüb avlusundaki çınar ağaçlarına yuva yapan balıkçıl kuşları her sene başlarından iki tüyü baştan başa nurlu Eyüb Türbesi üzerine bırakarak hediye ederler...” demektedir. Edmondo de Amicis ise; İstanbul (1874) isimli kitabında Eyüp için; “Bu fevkalade bir sessizliğe gömülmüş aristokratik bir mahalle gibi uhrevi bir hüzünle beraber dünyevi bir hürmet hissini ilham eden bembeyaz, gölgeli ve şahane bir güzelliğe sahip bir mezar şehridir... İstanbul’un başka bir yerinde, ölüm tasvirini güzelleştiren ve korkmadan seyrettiren müslüman sanatı bu kadar zarafetle gözler önüne serilmez. Dudaklarda hem dua hem tebessüm uyandıran hüzün ve zarafet dolu bir kabristan bir saray bahçe, bir mabet’tir bu....”demektedir.
;Geleneksel musikisi ile insanları bir araya toplayıp, eğitip geliştiren simgesi, Tekke ve Dergahlar kentin simgesel karakterini oluştururken; 19. yüzyılın başlarında Eyüp İskelesinden Bahariye’ye doğru kıyılar birçok sahilhaneler, sahil sarayları, kayıkhaneler ve kahvehanelerle süslüydü. İstanbul’un diğer semtleri gibiEyüp sık sık yangınlara sahne olan Eyüp, Sultan II. Mahmut zamanında büyük çapta imar edilmiştir. 19.yüzyılın başlarında, Tanzimat sonrası değiştirilen askeri kıyafetin imalatı için Defterdarburnu ile Eyüp İskelesi arasına III:Selim’in kızkardeşi Hatice Sultan’ın yalısının feriye kısmına nakledilen Feshane ile Haliç’te sanayileşme de önemli bir aşama kaydedildi. (1839). Feshane’de daha sonra aba ve halı tezgahları ile dokumacılık başlamış, 1843-1857 yılları arasında İngiltere, Fransa ve Belçika’dan buhar gücü ile çalışan iplik, dokuma ve apre makineleri getirilerek fabrika daha da geliştirilmiştir. Ayrıca bu tarihlerde daha çok askeri ihtiyaçların karşılanması maksadıyla 1828’de Eyüp’te Riştehane ve İplikhane Karhanesi adı verilen bir halat fabrikası kurulmuştur. Alibey ve Kağıthane derelerinin Haliç’e döküldüğü yerde, İstanbul’un elektrik ihtiyacını karşılamak amacıyla tesis edilmiş olan Türkiye’nin ilk termik elektrik santralı olan Silahtarağa Termik Elektrik Santralının yapımına 1911 yılında başlanmış ve 1914 yılında şebekelere ve abonelere elektrik verilmeye başlanmıştır. Ancak tesislerin çok eskimiş olması ve soğutmaya suyunun temininde güçlük çekilmesi nedeniyle 18.3.1983 yılında santralın üretimine son verilmiştir. İstanbul’daki, ilk Türk ve Müslüman yerleşmesi olma özelliği taşıyan Eyüp, Osmanlı - Türk şehirciliğinin tipik bir örneğidir.
Osmanlı Sultanları ve halkın gözünde kutsal bir yer sayıldığı için en değerli sanat ve kültür eserlerinin toplandığı bir merkez olarak gelişmiştir. Eba Eyyub’un ahirette şefaatini kazanmak ümidiyle imparatorluğun seçkin kişileri burada türbelerini yaptırmış ve bir çok vakıf tesisleri kurmuş bulundukları gibi, zamanla burada büyük mezarlıklar gelişmiş, Eyüp Sultan adeta İstanbul’un seçkin bir kabristanı olmuştur. Ayrıca, yeni tahta çıkan her Osmanlı sultanına Eyüp Sultan Türbesi’nde devrin en büyük tarikat şeyhi veya şeyhülislam tarafından kılıç kuşatılırdı. Taklid-i Seyf adı verilen bu merasim, tahta oturmak için biat merasimi kadar önemliydi. Saltanatın en mukaddes eşyasından sayılan Peygamber’in Sancağı da 1703 Patrona Halil İsyanı’na kadar Eyüp Sultan Türbesi’nde saklanmış, sonra Topkapı Sarayı’nda Harem Dairesi’ne alınmıştır. Özetle, Eyüp Sultan, Osmanlı siyasi düzeninde, son derece önemli bir makam oluşturmaktadır. Eyüp, Osmanlı Türk mimarisi, çinicilik ve hat sanatları bakımından da eşsiz bir müze durumundadır. Eyüp Sultan, aynı zamanda en önemli tekkelerin toplandığı bir merkezdir. Tekkelerin, Türk tasavvuf, edebiyat ve sanat tarihindeki seçkin yeri gözönüne alındığında,Eyüp Eyüp Sultan bir fikir ve sanat merkezidir. Fatih Sultan Mehmed ve II.Bayezid İstanbul’un yeniden iskanı için özel bir çaba harcamışlardır. Fatih Sultan Mehmed zamanında İstanbul’un iskanı için uygulanan politikalar çerçevesinde Eyüp Sultan külliyesi çevresine Bursa’dan gelenler yerleştirilmiştir. Daha sonra da nüfusun artırılması için İstanbul’a ve Eyüp’e göçmen kabul edilmiştir. Çektiği göçmen tipine bakılarak Eyüp’ün Balkanların bir parçası olduğunu söyleyebiliriz. Eyüp, işlevsel olarak İstanbul’a bağımlı küçük bir kasaba, önemli bir dini ziyaret merkezi ve büyük bir mezarlık alanıydı. Fakat yönetim bakımından, güneyde Büyükçekmece’den kuzeyde Arnavutköy’e kadar uzanan İstanbul’un Rumeli’deki hinterlandını kapsayan bağımsız bir kazanın, Haslar kazasının merkeziydi. Çok sayıda kayık ve suyolları ile işlek karayollarının varlığı, kırsal alandan kaza merkezine taşımacılığın, başkentin merkeze uzak ve karaya dönük diğer bölgelerine oranla, çok daha kolay olmasını sağlıyordu.
Haslar kazası esas olarak kırsal bir kazaydı; Eyüp kasabası merkezinde yaşayan kentliler kaza içinde azınlık olarak kalmaktadır. Ancak burada kırsallık farklı bir boyuta sahipti. Zira bu bölge taze süt, sebze ve çiçek gibi uzak tarım alanlarından getirilmesi mümkün olmayan malları İstanbul için üreten yörenin bir parçasını oluşturuyordu. Eyüp, aynı zamanda dinsel amaçlı ziyaret ve konaklama mekanı, buna dayalı imalat ve ticaret (seramik, çanak-çömlek, oyuncak atölyeleri) işlevleri ile İstanbul’un Haliç çevresindeki mekansal yapılanmasında bir son nokta olmuştur. 17. ve 18. Yüzyıllarda Anadolu ve Rumeli’deki huzursuzluklar ve aynı dönemde Avrupa’da ve Kırım’da toprak kayıplarının başlaması İstanbul’a göçü artırmış ve konut alanlarının yoğunlaşmasına neden olmuştur. Eyüp’ün bu göç olgusundan etkilenmesi ise 18. Yüzyılda olmuştur. Bu dönemde Eyüp, Kasımpaşa ve Üsküdar’da gecekondulaşmanın ilk işaretleri görülmeye başlamıştır. Lale devri olarak adlandırılan 1718-1730 yılları arasındaki dönemde Eyüp, mesireleri ve sahil sarayları ile ün yapmıştır. O zamanlar İstanbullularca Eyüp Sultan’ın meşhur sayılan pek çok özelliği vardı: Eyüp kebabı, Eyüp kaymağı, Eyüp oyuncağı, Eyüp kuş lokumu , Eyüp hacı lokumu, reçellik gülleri ve can erikleriyle, yazın türbe erikleri, sonbaharda Sultan Selim incirleriyle meşhur Eyüp bostanları, fulya tarlaları, lale ve sümbül bahçeleri, hanımların içinde ferace ve yaşmaklarını çıkararak kebap ve kaymak yedikleri türbe bahçesi, en girift yazıları hakkeden mezar taşçıları vardı. Ancak, 18.yüzyılda başlayan yenileşme hareketleri ve 1834 Tanzimat Fermanı bilimde, sanatta ilerleyen,sömürgeleşme ve sanayileşme ile zenginleşen Batının etkilerinin Osmanlı ülkesinde de yaşanmaya başlanması İstanbul’da yaşama alanlarının değişmesine yol açmış, sarayın Beşiktaş’a dolayısıyla Boğaz’a yerleşmesini müteakip prestijli yerleşim alanları Beyoğlu ve Boğaz kıyılarında gelişmeye başlamıştır.
Bu gelişmelerden sonra 19.yüzyılda Eyüp eski önemini kaybetmiş, Feshane, İplikhane, ilk enerji santralinin kurulması ile birlikte Haliç kıyıları sanayiye açılmış, Eyüp’te artık bir ziyaretgah, seyir ve mesire yeri değil, imalathaneler, sanayi çalışanlarının yerleştiği işçi mahalleri, orta sınıf konutları ve mezarlıklardan oluşan bir kenar semttir. Eyüp’te burada oturmak, öldükten sonra da bu kutsal çevrede gömülmek isteyen sakinlerin gündelik gereksinmelerini, Eyüp Sultan Camii, Türbesi ve çevresi ile mezarları ziyarete gelenlerin alışveriş taleplerini karşılayan kayda değer Eyüp büyüklükte bir çarşı gelişmiştir. Çarşıda balıkçılar, süt pazarı... gibi Eyüp’ün İstanbul için besin üretici yönüne işaret eden kısımlar ile sahaflar, tespihçiler, yazmacılar, çömlekçiler, oyuncakçılar, hayvan pazarı, Cuma pazarı.... gibi Eyüp’e yoğun ziyaretçi varlığına işaret eden kısımların bulunduğu kaynaklardan anlaşılmaktadır. Kısaca diyebiliriz ki; İstanbul’un ilk Türk-Müslüman yerleşmesi özelliğini taşıyan Eyüp, 15. Yüzyılda Eba Eyyub el-Ensari’nin türbesi ile birlikte inşa edilen külliyenin etrafında yer alan ilk mahalleye Bursa’dan getirilerek iskan ettirilen ilk yerleşimcilerden sonra, 16.-17.yüzyıllarda en prestijli günlerini yaşamış ve 18. Yüzyılın sonlarından itibaren Beyoğlu ve Boğaz kıyılarının önem kazanmasıyla birlikte yavaş yavaş yıldızı sönmeye başlamış, 19.yüzyılda artık sanayiye açılmış kıyıları ve sanayi çalışanlarının yerleştiği mahalleleri ile bir kenar semt haline gelmiştir. Cumhuriyetin ilk dönemindeki kentlerin planlanması çalışmalarında İstanbul için farklı ülkelerden Batılı uzmanlar plan ve öneriler geliştirmiş, ancak hepsi de Haliç’i bir sanayi alanı olarak görmüşlerdir. Bunlardan geniş ölçüde uygulanan Prost Planı (1936) ve Haliç kıyılarında ve 1950’li yıllarda Topkapı’da sanayi bölgelerinin tesisi, bunun yanısıra 1940’lı yıllarda Rami yöresinde ızgara sistemle oluşturulmuş yeni yerleşme alanına Balkan göçmenlerinin yerleştirilmesiyle Eyüp yerleşmesi, sanayi ile içiçe girerek, Haliç kıyısı boyunca kuzeybatıya doğru büyümüştür.