Emir Spahić, (d. 18 Ağustos 1980; Dubrovnik - Hırvatistan), Boşnak futbolcudur. Premijer liga Bosne i Hercegovine ekiplerinden FK Sarajevo'da oynamaktadır.
Spahić, futbolcu kariyerine ilk olarak NK Zagreb Futbol Takımı'nda başladı. Emir Spahić, 6 Eylül 2003 tarihinde ilk millî maçına çıktı. 2004 senesinin başında Rossiyskaya Premyer-Liga takımı FC Shinnik Yaroslavl'da, 2005 senesinde ise Torpedo Moskova takımına geçti. 2006 senesinin başında Lokomotiv Moskva takımına tranfer oldu ve bu takımda 2012'ye kadar top koşturdu.
24 Haziran 2009'da Fransız ekibi Montpellier HSC'e transfer olarak 2 yıl burada oynadı.
1 Temmuz 2012'de Sevilla'ya transfer oldu. 2012-2013 sezonunun devre arasında Anji'ya kiralık olarak gönderildi.
2013-14 sezonu öncesinde Bayer 04 Leverkusen'e transfer oldu.