Karasuları sorunu
Lozan Andlaşması Ege'deki karasuları 3 mil olarak kabul edilmiştir. 17 Eylül 1936 tarihinde Yunanistan bir yasa ile karasularını 6 mile çıkarmıştır. O dönemde iyi olan Türk-Yunan ilişkileri nedeniyle, Türkiye buna ses çıkartmamıştır. Böylece Yunanistan'ın Ege'deki payı %35'e çıkmıştır. 6 mili ancak 1964'te uygulamaya başlayan Türkiye ise, %8,8'lik bir paya ulaşmıştır. Eğer Ege'deki karasuları 12 mile çıkarsa bu oranlar sırasıyla %63,9 ve %10'a yükselecektir. Bunun nedeni Ege'deki 12 mil olayının aslında bir adalar sorunu olmasıdır. Yunanistan'ın Ege'de, bir kısmı da Türkiye'ye çok yakın yerlerde bulunan 2383 adası bu ülkeye böyle bir avantaj sağlamaktadır.12 mil sorunu, sadece Türkiye'yi değil, Ege denizinin açık denizini bir uluslararası su yolu olarak kullanan her devleti ilgilendirmektedir. Çünkü 12 mil durumunda Ege'deki açık deniz oranı %56'dan, %26.1'e inecektir.
Yunanistan, Ege karasuları sorununda karasularının azami sınırının 12 mil olabileceğini kabul eden 1982 BM Sözleşmesine atıfta bulunmaktadır. Türkiye ise, bu sözleşmeye taraf olmadığını vurgulamakta, Ege denizinin bir yarı-kapalı deniz olduğunun altını çizmekte ve Ege'de sınır saptaması yapılırken hakkaniyet ilkesine göre hareket edilmesi gerektiğini belirtmektedir. Türkiye, ayrıca Yunanistan'ın karasularını 6 milin üstüne çıkarmasının casus belli (savaş sebebi) sayılacağını ifade etmektedir.
Kıta sahanlığı sorunu
Yunanistan, Türkiye ile herhangi bir anlaşma yapmadan kıta sahanlığını "eşit uzaklık" ilkesine göre tek taraflı bir biçimde saptayarak, bölgede yabancı şirketlere petrol arama izni vermeye başlamıştır. Böylece Yunanistan Ege denizi kıta sahanlığının tamamını kendisinin sayma eğilimine girmiştir. Türkiye'de, kıta sahanlığının Ege Denizi'nin en derin noktalarından geçen hatta göre sınırlandırılabileceği görüşünden hareket ederek 1 Kasım 1973'te, TPAO'ya, Anadolu'nun doğal uzantısı, yani kendi kıta sahanlığı saydığı yerlerde (ki bazı Yunan adalarının batısına düşüyorsa) petrol arama ruhsatı vermiştir. Yunanistan bunu 7 Şubat notasıyla protesto etmiş ve böylece sorun tırmanmıştır.Yunanistan, Ağustos 1976'da sorunu, Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi ve Uluslararası Adalet Divanı'na götürdü. Güvenlik Konseyi, taraflarla görüşmelere başlama ve Adalet Divanı'na başvurma önerisinde bulundu. Divan, Yunanistan'ın "ihtiyatı tedbir" istemini 11 Eylül 1976'da reddetti. Ayrıca divan, üç yıl sonra, 1979 Ocağında, Ege Denizi Kıta Sahanlığı konusunda yetkisiz olduğuna karar verdi.
Taraflar arasında Kasım 1976'da, Bern'de yapılan toplantıda, kıta sahanlığı konusunda yapılacak olan görüşmelerde nasıl davranılacağını belirleyen birtakım kurallar saptandı. Ancak görüşmeler kesildikten sonra, Yunanistan Bern Bildirisi'ni tanımadığını açıkladı. Mart 1987'den sonra kendi kıta sahanlığı olduğunu iddia ettiği bölgede petrol arama izni verdi. Bunun üzerine Türkiye 25 Mart 1987'de Yunan adalarının çevresinde petrol arayacağını belirtti. Silahlı çatışma olasılığının çok yaklaştığı bir bunalım doğduysa da 27 Mart'da her iki taraf şimdiki karasuları dışına çıkmayacaklarını açıkladılar.
Kıta sahanlığı konusunda Yunanistan'ın görüşleri şunlardır. a)Türk kıyısı boyunca dizilmiş olan Yunan adaları, Yunan ülkesinin ayrılmaz parçalarıdır. Bu adaların takımada oluşturanlarında en uç noktalar birleştirilerek bu çizginin içi "takımada suyu" kabul edilmektedir. Böylece, Türk kıyılarındaki Yunan adalarının batısında Türkiye'ye kıta sahanlığı kalmamaktadır. b)Adalar kıta sahanlığına sahiptir ve bu kıta sahanlığının sınıflandırılması, kıta ülkeleri ile eşit koşullarda yapılır. c)Kıta sahanlığı konusunda andlaşma yapılmamışsa, Türkiye ile adalar arasında eşit uzaklık ilkesi uygulanmaktadır. Türkiye ise hakkaniyet ilkesi gereğince bir tesbit yapılması gerektiğini belirtmektedir. Ayrıca, kıta sahanlığının sınırlandırılmasında doğal uzantı esastır. Ülkesini savunmakta, bir bölgede adaların bulunmasının kıta sahanlığı açısından "özel durumlar" oluşturduğunu, Ege Denizi'nin bir "yarı kapalı" deniz olduğunu iddia etmektedir. Kıta sahanlığı sorununu çözmek amacıyla, konuyu sürekli olarak uluslararası forumlara götürmek eğiliminde olan Yunanistan karşısında Türkiye gene sürekli olarak, karşılıklı görüşme ve anlaşmanın esas olmasını ileri sürmektedir.
Fır hattı-hava sahası sorunu
Yunanistan, 1931'de bir Cumhurbaşkanlığı kararnamesi ile hava kontrol sahasını 3 milden 10 mile çıkarmış ve Türkiye o dönemdeki iyi ilişkiler nedeni ile herhangi bir itirazda bulunmamıştır. 1952 tarihli bir ICAO (International Civil Aviation Organization-Uluslararası Sivil Havacılık Örgütü) toplantısında, Türk-Yunan karasuları çizgisinin batısında kalan hava trafiğinin Atina FIR'ının yetki alanına girmesi kabul edilmiştir.Bu hattın doğusunda ise İstanbul FIR'ı geçerli olacaktır. Bu hat 1974'e kadar bir sorun çıkarmamış, fakat 4 Ağustos'ta Türkiye NOTAM 714'ü ilan etmiştir. (Notice to Airmen-Havacılara Duyuru). Buna göre, Türkiye yönünde uçarken kuzey-güney orta çizgisine varan her uçak durumunu ve uçuş planını Türk yetkilerine bildirecektir. Amaç, Türk radarlarının Kıbrıs bulanımında zararsız uçaklarla potansiyel saldırgan uçaklar arasındaki farkı daha iyi saptamalarını sağlamaktır. Böylece Türkiye, FIR hattını fiilen batıya kaydırmış olmaktadır. Yunanistan bunu, Türk kıta sahanlığı iddialarının batı sınırı olarak yorumlayarak reddetti ve 13 Eylül 1974'de NOTAM 1157'yi ilan etti. Yunanistan Ege hava sahasının tehlikeli duruma geldiğini açıklayarak, Ege Denizini uçuş trafiğine kapattığını açıkladı.
Haziran 1979'da NATO başkomutanı William Rogers'in hazırladığı plan çerçevesinde taraflar, 1980 yılında NOTAM'ları kaldırdılar. Böylece Ege Denizi yeniden sivil havacılığa açılmış oldu. Ancak Yunanistan'ın hava sahasını 10 mil olarak kabul etmesini yarattığı sorunlar halen devam etmektedir.
Adaların silahlandırılması sorunu
1960 sonrasında Ege Denizi üzerindeki adalarda taraflar arasında egemenlik, denetim ve güvenliği sağlamaya yönelik anlaşmazlık başlamıştır. Yunanistan, askeri amaçlarla da kullanılabilecek havaalanı ve diğer tesislerin ilkini 1952'de Leros adasında kurmuştur. Ancak, Yunan adalarının, 1974'ten daha doğrusu Türk Ege Ordusu'nun kurulduğu 1975'ten sonra hızlanarak silahlandırıldığını kabul etmek uygun olacaktır.Uluslararası andlaşmalar, bu adaları üç katogoriye ayırmaktadır.
1-Yunan adaları Limni ve Semadirek ile Türk adaları İmroz ve Bozcaada. Bu "Boğaz önü" adaları Boğazlarla birlikte, Boğazlar Rejimine ilişkin Lozan Sözleşmesinin 4. maddesiyle askerden arındırılmıştır.
2-Limmi, Sakız, Sisam ve Nikarya adlı Yunan adaları. Bunlar Lozan Barış Andlaşması'nın 13. maddesi gereğince ülkelerinde ancak polis ve Jandarma kuvveti bulunabilecek, deniz üssü ve istihdam kurmanın yasak olduğu adalardır.
3-Oniki ada, sayıları aslında 14 olan bu adalar da 1947 Paris Andlaşması'yla İtalya'dan alınıp Yunanistan'a verilmiş adalar olup, aynı andlaşmanın 14. maddesine göre üzerlerinde ancak asayişi sağlayacak kadar kuvvet bulundurulabilir.
Yunanistan'a göre, andlaşmalar yapıldığı sıradaki koşullar köklü biçimde değişmiştir (rebus sic stantibus), dolayısıyla adalar üzerindeki sınırlama ortadan kalkmıştır. (Ayrıca Boğazları silahtan arındıran Boğazlar rejimini düzenleyen Lozan Sözleşmesi'nin yerine 1936 Montreux Andlaşması geçmiş ve Boğazlar tekrar silahlandırılmıştır. 1923 Lozan Boğazlar Sözleşmesi tamamen sona ermiştir. Boğazlar tekrar silahlandırıldığı için, bu sistemin bir parçası olan adalar da silahlandırılabilir. Türkiye'ye göre ise Montreux'den Boğaz-önü adalarının silahlandırılabileceği şeklinde bir anlam çıkarılamayacağı, çıkarılsa bile, Lozan Barış Andlaşması'nın 12. maddesi vardır. Bu madde, anılan adaların 1914'te silahsızlandırıldığını doğrulamaktadır. Yunanistan, ayrıca, Türkiye'nin 1947'nin Paris Andlaşması'na taraf olmadığını, bu nedenle de hak ve yükümlülükler doğurmadığını iddia etmektedir. Türkiye ise, her ne kadar taraf olmasa da, Paris Andlaşması'nın bir "objektif statü" yarattığını, bu nedenle de kendisini ilgilendirdiğini belirtmektedir.