Düşük enerjili elektron mikroskobu fikir bazında 1962 yılında Ernst Bauer tarafından ortaya atılmıştır. Ernst Bauer diğer araştırmacıların da katkılarıyla icadını 1985`de pratiğe dökmüştür.
Düşük enerjili elektron mikroskobunun avantajlarından bir diğeri elektron optik sisteminin odak düzleminde oluşan düşük enerjili elektron kırınımı (LEED) motifinin kolaylıkla ölçülebilmesidir.