Duraklama Döneminde artık ihtiyaç kalmayan yaya ve müsellemler ve voynuklar gibi bazı eski askeri birlikler kaldırılmıştır. Kapıkullarının toplam mevcudu; 1470`lerde 13.000, timarlı sipahi 60.000; 1526`da kapıkulu 24.000, timarlı sipahi 80.000 olduğu halde, 1610`larda kapıkulu 40.000`e çıkmış, timarlı sipahi sayısı 20.000`e düşmüştür. Sonuç olarak, tımar sisteminin bozulmasının en olumsuz tarafı, devletin iktisadi yapısına yansımasıdır.
1593-1606 Avusturya harplerinde tımarlıların yerine mecburiyet sebebiyle Sekban ve Tüfenkçilerin sayılarının fazlalaştırılması tımar sistemiin bozulmasına aynı zamanda sulh dönemlerinde boşta kalan Sekbanların başıbozukluğu ordu disiplininin bozulmaya başlamasına neden olmuştur.
Küçük timar sahipleri 1580`lerden itibaren batıdan gelen büyük ölçüde gümüşün fiyatların düşmesine sebep olması üzerine masraflı seferlerden kaçınmaya başlamışlardır. İltizam sisteminin yaygınlaşması üzerine tımar sisteminin önemini kaybetmiş ve eyaletlerde asker yetiştirilmemeye başlanmıştır.
Sokullu Mehmed Paşanın ölümünden sonraki 30 sene boyunca devlet idaresinde ehliyet sahibi yöneticilerin getirilmemesi orduyada yansımıştır.
Düzenin bozulduğu Yeniçeri Ocağını düzenlemek isteyen II. Osman (1618-1622) yeniçeriler tarafından tahttan indirilerek yerine, I. Mustafa getirilmiş ve sonrasında, Yedikule Zindanları`nda katledilmiştir.
- III. Murat döneminden itibaren kapıkulu ocaklarına kanunlara aykırı asker alınarak sayılarının artırılması
- Yeniçerilerin geçim sıkıntısını ileri sürerek askerlik dışında işlerle uğraşmaları
- Denizcilikle ilgisi olmayan kişilerin donanmanın başına getirilmesi
- Avrupa`da meydana gelen harp teknolojisindeki gelişmelerin takip edilmemesi
gibi etkenler Osmanlı askeri sisteminin bozulmasına neden olmuştur.