5` uç
Nükleik asitlerin 5` ("beş üssü" okunur) ucu, bu uçtaki iplikçiğin bitiş noktasındaki şeker halkasının beçinci karbonuna bağlı olan bir kimyasıl grup olmasından dolayı bu şekilde adlandırılır. Eğer 5` uca bir fosfat grubu bağlıysa, bu 5` fosfat ile başka bir nükleotidin 3` hidroksil grubu arasında bir fosfodiester bağı oluşması yoluyla bu iki nükleotit ligasyona uğraması mümkündür.Ökaryotlarda mesajcı RNA (mRNA)`nın 5` ucu, başlık takma yeridir, bu süreç ergin mRNA oluşumunun önemli bir aşamasıdır. Başlık takma, translasyon sırasında mRNA`yı korur, eksonükleazlar tarafından sindirilmesini engeller. Başlık, bir metilguanozin`in mRNA`ya 5`-5` trifosfat bağlantısı ile bağlanmasıdır.
Bir genin 5` komşu bölgesi genel olarak ``promotör`` olarak adlandırılır, burada transkripsiyon kontrolünden sorumlu proteinlerin bağlandığı yerler vardır.
Bir genin ``5`-çevrilmez bölgesi`` (İngilizce ``5` untranslated region``) mRNA`ya yazılır, mRNA`nın 5` ucundadır ama protein kodlayan diziler içermez. 5`-çevrilmez bölge başlık konumundan başlayıp ATG başlama kodona kadar uzanır. Bu bölge çevrilmese de mRNA`nın çevrilme hızını belirleyen (ribozom bağlanma konumu veya Kozak dizisi gibi) veya mRNA`nın stabilitesini etki eden diziler içerebilir
3` uç
Bir nükleik asit iplikçiğinin 3` ("üç üssü" okunur) ucu, orada bulunan şeker halkasının 3. karbonundaki hidroksil grubundan dolayı böyle adlandırılır. Bir nükleik asit molekülünün uzaması için 3`-OH grubu gereklidir çünkü eklenen nükleotitlerilerin 5`-fosfatları buraya bağlanır.3`-hidroksil grubu olmayan bir nükleotit (dideoksiribonükleotit) bir nükleik asidin ucuna eklendiği zaman ona başka bir nükleotit bağlanamaz. Bu kimyasallar gerek dideoksi sonladırma yöntemi gerek de Sanger yöntemi ile DNA`yı oluşturan nükleotitlerin sırasının belirlenmesinde kullanılır.
Ökaryotların mRNA`sında 3` uç poliadenilasyonun gerçekleştiği yerdir. poliadenilasyonda translasyonun hemen ardından mRNA`ya 50 ila 250 adenozinden oluşan bir zincir eklenir. Bu zincir mRNA`nın yıkıma uğrmadan evvel hücre içinde ne kadar süre varlığını sürdüreceğini, dolayısyla onldan ne kadar protein üretileceğini belirler.
Genin 3` komşu bölgesi transkripsiyon sırasında RNA`ya yazılır ama RNA`nın işlenmesi süreci sırasında çıkartılır. Bu bölgede genelde mRNA`nın 3` ucunun oluşmasına etki eden diziler yer alır. Bu bölgede ayrıca hızlandıcılar ve protein bağlayıcı başka diziler de bulunabilir.
3` çevrilmez bölge, mRNA`ya yazılıp onun 3` ucunu oluşturan ama protein kodlayıcı diziler oluşturmayan DNA bölgesidir. Stop kodonu ile poli-A zinciri arasından oluşur. Bu bölge mRNA`nın translasyon hızını ve onun stabilitesini belirleyebilir. Bu bölgede ayrıca poli-A kuyruğun eklenmesi için gerekli olan diziler bulunur (AAUAAA dizisi gibi)
Kaynakça
- Lodish et al., ``Molecular Cell Biology``, 5th edn., 2004, W.H. Freeman and Company, New York. ISBN 0-7167-4366-3