- İki veya daha çok dizinin karşılaştırılarak benzerliklerini bulunması (dizi hizalama)
- Bir dizinin içinde belli özelliğe sahip nokta veya bölgelerin bulunması. Örneğin, dizi motifleri, okuma çerçeveleri, intron ve ekson sınırları, ve gen düzenleyici elemanlar.
- Genom haritalaması
- Homolog dizilerin karşılaştırılarak filojenik ağaç kurmak.
- Protein yapı tahmini
Kimyada dizi analizi, bir polimeri oluşturan monomerlerin dizisini çözmek anlamında kullanılır. Moleküler biyoloji ve genetikte bu işleme sadece dizileme denir.