Cesar Augusto Sandino`nun önderliğindeki köylü ordusunda savaşmış bir askerin oğluydu. Managua`daki Orta Amerika Üniversitesi`ne devam ettikten sonra 1963`te yeraltına geçti ve FSLN`ye katıldı. 1967`de iktidardaki Somoza ailesine karşı FSLN`nin kent direniş hareketinin başına getirildi. 1967`de katıldığı bir banka soygunu nedeniyle tutuklanan Ortega yedi yıl tutuklu kaldı. 1974 sonunda öbür tutuklu Sandinistalarla birlikte, Somoza yanlısı rehineler karşılığında serbest bırakıldı. Küba`ya sürülen gerillalarla birlikte bu ülkede aylarca gerilla eğitimi gördü.
Gizlice Nikaragua`ya döndükten sonra FSLN içindeki çeşitli hizipleri uzlaştırılmasında, ayrıca iş ve siyaset çevreleriyle ittifaklar kurulmasında önemli rol oynadı. FSLN`nin sürdürdüğü gerilla hareketi giderek bir iç savaşa dönüştü ve 1979`da Sandinistaların zaferiyle sonuçlandı. FSLN yönetimindeki beş kişilik kurulun üyesi olan Ortega 1981`de bu kurulun koordinatörlüğüne getirildi. Ortega yönetiminde Sandinista hükümeti bir dizi devletleştirmeye girişerek sosyalist ülkelerle yakın ilişkiler kurdu. Bu arada ABD`nin desteklediği sağcı contra gerillalarının direnişiyle karşılaştı. 1984`te yapılan seçimlerde % 63 oyla devlet başkanlığına seçildi. 1988 ve 1989 yıllarında diğer Orta Amerika devlet başkanlarının arabuluculuğuyla Contra`larla uzlaşmayı kabul etti.
1990`daki başkanlık seçimini, 14 partinin oluşturduğu Ulusal Muhalefet Birliği`nin (UNO) adayı Violeta Barrios de Chamorro karşısında kaybetti.1996 ve 2001 yıllarında girdiği başkanlık yarışlarını da kaybetti. Muhalefette kaldığı yıllarda devrimci çizgiden uzaklaşarak sosyal demokrasiye yakınlaştı. Kasım 2006 yapılan başkanlık seçimlerini % 38`le kazanarak, 16 yıl sonra tekrar devlet başkanlığına getirildi.
