Stellenbosch`taki Victoria College`da ve Hollanda`daki Utrecht Devlet Üniversitesi`nde öğrenim gördü.1905`te bu üniversiteden ilahiyat dalında doktora derecesi aldı.Kap Kolonisi`ne döndükten sonra Hollanda Reform Kilisesi`nin yönetim kuruluna girerek vaizlik yapmaya başladı.Gençliğinden beri Afrikanerlerin özlemlerine sözcülük etti ve Afrikaner dilinin resmi dil olarak kullanılmasını savundu.1915`te kilisedeki görevinden ayrıldı ve J.B.M. Hertzog önderliğindeki Ulusal Parti`yi (NP) destekleyen ``Die Burger`` gazetesinin yayın yönetmenliğini üstlenmek üzere Cape Town`a gitti.1918`de parlamentoya girdi.Ertesi yıl, Güney Afrika`ya kendi geleceğini belirleme hakkı temelinde bağımsızlık tanınmasını istemek için Versailles`de toplanan barış konferasına gönderilen delegeler arasında yer aldı.1924`te Hertzog hükümetinde içişleri bakanı oldu.Malan`ın bu görevi sırasında çıkarılan yasalarla Güney Afrika`da yaşayanlara yurttaşlık hakkı tanındı; Güney Afrika Birliği`nin bayrağı kabul edildi; Hollandacanın yerine, 17. yüzyıl Felemenkçesinden türeyen Afrikaner dili İngilizcenin yanında ikinci resmi dil yapıldı.Malan Ulusal Parti`nin 1934`te Jan Smuts önderliğindeki Güney Afrika Partisi`yle birleşmesi üzerine hükümetten ayrılarak Arınmış Milliyetçi Parti`yi kurdu.Bu parti çok geçmeden ülkenin resmi muhalefet hareketi durumuna geldi.
Güney Afrika`nın II. Dünya Savaşı`nda tarafsız kalması gerektiğini savunan Hertzog, parlamentoya sunulan tarafsızlık önerisinin reddedilmesi üzerine hükümetten ayrıldı ve kısa bir süre sonra kendisi gibi tarafsızlık yanlısı olan Malan`la uzlaştı.Malan ve Hertzog 1939`da yeniden Birleşmiş Ulusal Parti`yi (ya da Halk Partisi) kurdular.Malan, Hertzog`un Aralık 1940`ta partiden ayrılması üzerine hareketin liderliğini üstlendi.1943 genel seçimlerinde 43 sandalye kazanan parti, milliyetçi ve cumhuriyetçi Afrikanerlerin duygularına seslenerek gitgide güçlendi ve 1948`de Afrikaner Partisi`yle birlikte parlamentoda çoğunluğu elde etti.Yeni hükümette başbakanlık ve dışişleri bakanlığı görevlerinin üstlenen Malan, dış politikada bağımsızlık, iç politikadaysa apartheid yanlısı bir çizgi izledi.Aynı dönemde dışişleri bakanı sıfatıyla Londra`da düzenlenen Uluslar Topluluğu Konferansı`na katıldı.Daha da güçlenerek çıktığı 1953 seçimlerinden bir yıl sonra emekliye ayrıldı.