Fakültemizin kuruluş öncesi tarihçesine bakarsak; Cerrahpaşa Tıp Fakültesi adını bulunduğu semtten almaktadır. Buraya Cerrahpaşa denmesinin nedeni Sultan III. Murat ve III. Mehmet döneminde saray cerrahı olan ve sadrazamlığa kadar yükselen Cerrah Mehmet Paşa'nın isminden kaynaklanmaktadır.
Cerrahpaşa Tıp Fakültesinin temelini teşkil eden ilk hastane; şimdi fakültenin bulunduğu yerde bulunan "Takiyeddin Paşa Konağı"nın Belediye tarafından satın alınarak gerekli düzenlemelerin yapılması ile 10 Temmuz 1911 tarihinde açılan, sadece erkek hastalara hizmet veren 80 yataklı "İstanbul Belediyesi Cerrahpaşa Hastanesi"dir. 1912 yılında ahşap olan Takiyeddin Paşa Konağı yıkılarak yerine 150 yataklı, şimdi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıp Müzesi'nin bulunduğu kagir bina ve buna ek olarak şimdiki Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulunun bulunduğu bina inşa edilmiştir. 1930 yılında şimdiki Psikiyatri bölümünün bulunduğu bina Dahiliye kliniği olarak inşa ettirilmiş ve yatak sayısı 250'ye ulaşmıştır.
14 Aralık 1930 tarihinde Cerrahpaşa Hastanesini ziyaret eden Gazi Mustafa Kemal Atatürk şimdiki Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulu'nun bulunduğu binanın balkonunda oturarak hastane ile ilgili görüşlerini "Bu hastane at nalı şeklinde sahile kadar uzanmalıdır" sözleriyle dile getirmiş, ayrıca konuk defterine "Gördüklerimden memnun oldum, temizlik ve intizam ciddi, mesai takdire şayandır" şeklinde yazmıştır.
1933 Üniversite Reformu ile Haydarpaşa'da bulunan tıp fakültesi İstanbul'un Avrupa yakasına nakledilmiş ve tıp fakültesi merkezi Beyazıt'a, klinikler ise İstanbul'un 5 hastanesine (Şişli Etfal, Haseki, Cerrahpaşa, Guraba, Bakırköy Akıl Hastaneleri) yerleştirilmiştir.
Üniversite tıp fakültesinin öğretim üyesi ve öğrenci sayısındaki artış, öğrencilerin Haseki, Cerrahpaşa ve Çapa arasındaki gidiş gelişlerinde yaşanan zorluklar nedeni ile 5 Ocak 1967 tarihinde toplanan Üniversite Tıp Fakültesi Profesörler Kurulu Cerrahpaşa Tıp Fakültesi adı ile ikinci bir tıp fakültesi kurulması kararını alarak Üniversite Senatosuna teklif etmiş ve bu teklif 27 Temmuz 1967 tarihinde toplanan Üniversite Senatosunda kabul edilerek Cerrahpaşa Tıp Fakültesi resmen kurulmuştur. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi ilk Dekanı Prof. Dr. Celal Öker 5 Eylül 1967 tarihinde göreve başlamıştır.
Cerrahpaşa Tıp Fakültesi öğretim üyesi ve öğretim yardımcısı sayıları yıllara göre belirgin bir artış göstermiştir. Kuruluşunda 62 olan öğretim üyesi sayısı bugün 528'e, öğretim yardımcısı sayısı ise 138'den bugün 612'e ulaşmıştır. Kuruluşta 39 Profesör, 12 Doçent, 11 Üniversite Doçenti, 36 Uzman ve 102 Asistan Doktor ile eğitim ve sağlık hizmetlerine başlayan fakültemizde bugün 382 Profesör, 135 Doçent, 6 Yardımcı Doçent ve 469 Uzmanlık öğrencisi mevcut bulunmaktadır.
Cerrahpaşa Tıp Fakültesi kampüsü yaklaşık 140 Bin metre kare açık alana sahip bulunmakta olup içerisinde Dekanlık, Oditoryum, Yemekhane, Kapalı Spor Salonu, Merkez Kütüphane, Temel Bilimler, Monoblok, Yeni Poliklinik, Acil-Ortopedi-Nöroşirurji, Çocuk Hastalıkları-Kadın Doğum, Jinekolojik Onkoloji, Nöroloji-Fizik Tedavi, Hemşire Lojmanı, İngilizce Tıp, Radyasyon Onkolojisi, Psikiyatri, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulu, Tıp Müzesi ve Göğüs Hastalıkları olmak üzere toplam 210 Bin metre kare kapalı alana sahip 20 ayrı bina bulunmaktadır.
Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nin Üniversite Senato sırası 9, Akademik rengi ise Bordo'dur.