1995’ten 1999’a kadar TGRT’de muhabir ve dış haberler müdürü olarak görev yaptı. 2005 yılında Knight Wallace bursuyla University of Michigan’da “Arafat sonrası Filistin” konulu bir araştırma yaptı. 2002’de CNN’in Atlanta’daki merkezinde profesyonel gazetecilik eğitimi aldı. Reuters TV News Workshop ve CNN IPP Sertifikaları bulunuyor.
2001 yılında karargahına kapatılmasından hemen sonra Filistin Lideri Yaser Arafat’la görüşen tek Türk muhabirdir.
Ortadoğu sorununun yanısıra Makedonya iç savaşı ve Kosova’daki krizi takip eden Bora Bayraktar, birçok devlet adamı ve yönetici ile özel röportajlar yaptı.
Dönemin İsrail başbakanları Ehud Barak, Binyamin Netanyahu, Şimon Peres, Dışişleri Bakanı Silvan Şalom, Filistinli yöneticiler Hanan Aşravi, Saib Erekat, Hamas lideri Mahmud Zahhar, Polonya Devlet Başkanı Lech Walesa, Dışişleri Bakanı Wlodzimir Chimochewicz, Bosna Başbakanı Haris Sladzij, Kosova Başkanı İbrahim Rugova, Kosova Kurtuluş Ordusu Lideri Haşim Taçi ve CNN’in kurucusu Ted Turner, CNN International Başkanı Chris Cramer bunlardan bazılarıdır.
Makedonya iç savaşında Arnavut Ulusal Kurtuluş Ordusu Lideri Ali Ahmeti ile görüşen ilk yabancı gazeteci oldu. 2001 Ocak’ında Davos’taki Dünya Ekonomik Forumu sırasında küreselleşme karşıtlarının eylemleri ile İstanbul’daki Swiss Otel baskınının sona erdiğini dünyaya ilk duyuran muhabir oldu.
2002’de İran’da “İran’ın Değişen Yüzü” adlı dizi haberlere imza attı. Necef’te öldürülen Iraklı Şiilerin en büyük liderlerinden Bedir Tugayları’nın başı Muhammed Bakır El Hakim ile Tahran’da özel söyleşi yaptı. Bu haberleri ve izlenimleri CNN International’da da yer aldı.
“Çift başlı Kartal Kosova”, “Elveda Gazze Merhaba Özgürlük”, “Arafat’ın ardından” gibi belgeseller hazırladı.
Bora Bayraktar’ın 2003 yılında yayınlanan “A’raf , Oslo Barısından El Aksa İntifadasına Ortadoğu” adlı bir kitabı da bulunuyor.