Sultan Berkyaruk, bundan sonra Anadolu ve Suriye’yi işgale başlayan haçlılar üzerine kuvvetler sevk etti. Ancak emirler arasındaki rekabetler ve Şii Fatımilerin aleyhte faaliyetleri sonucu, Haçlılara karşı kesin bir zafer elde edemedi.
Bu arada Berkyaruk’un karşısına Gence Melik’i ve kardeşi Mehmed Tapar, saltanat iddiasıyla çıktı. Berkyaruk, 1100 yılında Sefid-rud’da mağlup oldu ise de; Mehmed Tapar’ı arka arkaya dört defa bozguna uğrattı. Ahlat’a sığınan Mehmet Tapar, buranın hükümdarı Sökmen’i ve Ani emiri Menuçehr’i hizmetine alarak yeniden savaşa hazırlandı. Sultan Berkyaruk, çok kan aktığını, memleketin harap, emir ve askerlerin yorgun olduğunu, hazinenin boş kaldığını, vergilerin tahsil edilemez bir hale geldiğini ve nihayet İslam düşmanlarına fırsat verildiğini beyan ederek, gönderdiği bir elçi ile, kardeşini barışa ikna etti. Böylece, 1104’te Azerbaycan’da Sefid-rud hudut olmak üzere Kafkasya’dan Suriye’ye kadar bütün vilayetler Mehmed Tapar’da kalmak ve Bağdat'ta hutbe Berkyaruk namına okunmak şartıyla, bir antlaşmaya varıldı.
Selçuklu İmparatorluğu, iki devlete ayrılmak suretiyle Türkiye ile birlikte üç Selçuk sultanı meydana çıktı. Lakin bu durum çok kısa sürdü. Zira, Berkyaruk, vücutça hasta olduğu için, 1104 yılında yirmi altı yaşında öldü. Sultan Berkyaruk, ülkesini düşünen ve milletinin refahı için çalışan bir kimse idi. Ancak, kardeş kavgalarının hem de birlik ve beraberliğe en muhtaç olunduğu bir döneme rastlaması, Berkyaruk’u çok üzmüştü. Buna rağmen fırsat buldukça Haçlı kuvvetleri üzerine asker sevk etmekten ve onlara darbeler vurmaktan geri kalmadı.